生物数据统计分析方法——第六章2.pptVIP

（二）相似系数 研究样品间的关系常用距离，研究指标间的关系常用相似系数。 相似系数常用的有：夹角余弦与相关系数 1. 夹角余弦（Cosine） 2. Pearson相关系数 四、系统聚类法（hierarchical clustering method） 将n个样品各作为一类 系统聚类法是诸聚类分析方法中使用最多的一种，按下列步骤进行：  计算n个样品两两之间的距离，构成距离矩阵 合并距离最近的两类为一新类 计算新类与当前各类的距离。再合并、计算，直至只有一类为止 画聚类图，解释 类与类之间的距离  1.最短距离法(single linkage) 2.最长距离法(complete linkage) 3.中间距离法(median method) 4.类平均法(average linkage) 5.可变类平均法(flexible-beta method) 6.重心法(centroid method) 7.Ward离差平方和法(Wards minimum-variance method) 类与类之间的距离  8.Mcquitty的相似分析法(Mcquittys similarity analysis) 9.最大似然估计法(EML) 10.密度估计(density linkage) 11.两阶段密度估计法(two-stage density linkage)等。 （一）最短距离法(single linkage，nearest neighbor) B2 A2 * * B1 A1 * * B3 * 样品间：欧氏距离类类间：两类间两两样品距离最短。即图中样品A2和B1之间的距离 6个民族的粗死亡率与期望寿命 待续！ （二）最长距离法(complete linkage，furthest neighbor) B2 A2 * * B1 A1 * * B3 * 样品间：欧氏距离类类间：两类间样品两两距离最长。即图中样品A2和B3之间的距离 （三）中间距离法(median method) 最长距离夸大了类间距离，最短距离低估了类间距离。介于两者间的距离即为中间距离 K L J M （四）中间距离法的变形——可变法 （五）类平均法(average linkage between group) SPSS作为默认方法，称为 between-groups linkage K L J M （六）可变类平均法(flexible-beta method) 类平均法的变型 K L J M 主要内容 绪论 统计量、统计分布与统计比较 回归与最小二乘分析 比较试验设计与分析 回归试验设计与分析 动态试验指标的统计推断 综合试验指标的统计推断 Cluster Analysis 聚类分析(第1部分) 一、 简介 聚类分析也是一种分类技术。与多元分析的其他方法相比，该方法较为粗糙，理论上还不完善，但应用方面取得了很大成功。与回归分析、判别分析一起被称为多元分析的三大方法。 1. 聚类的目的 根据已知数据，计算各观察个体或变量之间亲疏关系的统计量（距离或相关系数）。根据某种准则（最短距离法、最长距离法、中间距离法、重心法），使同一类内的差别较小，而类与类之间的差别较大，最终将观察个体或变量分为若干类。 2. 聚类分析的应用例子 同一种疾病（如肝炎），根据临床表现等将病人分成若干类（甲、乙、丙、丁、戊型肝炎） 根据疾病的若干临床表现，将病人分成轻、中、重三型 在儿童生长发育研究中，把以形态学为主的指标归于一类，以机能为主的指标归于另一类 3. 聚类的种类 根据分类的原理可将聚类分析分为： 系统聚类与快速聚类 根据分类的对象可将聚类分析分为： 系统Q型与R型（即样品聚类clustering for individuals 与指标聚类clustering for variables) 大家应该也有点累了，稍作休息 大家有疑问的，可以询问和交流 4. 聚类分析数据格式 k 5. 判别分析数据格式 6. 聚类分析与判别分析间的联系 先采用聚类分析获得各个个体的类别（classification ）；然后采用判别