第五章 蛋白质序列分析.pptVIP

第五章 蛋白质序列分析 第一节 蛋白质基本性质分析 第二节 蛋白质功能预测 第三节 蛋白质结构预测 第四节 蛋白质分子进化分析 第一节 蛋白质基本性质分析 一、疏水性分析 二、跨膜区分析 三、前导肽和蛋白质定位 四、卷曲螺旋分析 一、疏水性分析 1、ExPASy的ProtScale程序 2、Windows下的软件资源 BioEdit、DNAMAN等。 二、跨膜区分析 1、基于自然存在的跨膜螺旋数据库Tmbase，可通过进行分析：genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/ 2、软件分析： DNAMAN等 大家有疑问的，可以询问和交流 可以互相讨论下，但要小声点 预测的跨膜螺旋 三、前导肽和蛋白质定位 1、信号肽分析 2、亚细胞定位分析 四、卷曲螺旋分析 α-螺旋的卷曲螺旋(coiled-coils)排列方式能够直接从序列中预测。 第二节 蛋白质功能预测 主要有两个策略进行： 一、同源序列分析 二、功能区相关的保守序列特点分析 目的蛋白是否和功能已知蛋白相似?→ ↓ 分析目的蛋白的跨膜 螺旋、卷曲螺旋和导肽 → ↓ 目的蛋白是否含有保守的序列特征？→ 搜索PROSITE数据 搜索Blocks、PRINTS数据→ 综合分析阳性结果并进行一致性校对