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ZCNI
实习
基因组数据注释和功能分析
ZCNI
课程内容
基因组数据注释和功能分析
基因组学
核苷酸序列分析
实习三
芯片的基本数据处理和分析
转录物组学
实习四
白质结构与功能分析
系统生物学
实习五
白质组学数据分析
蛋白质组学
系统生物学软件实习
ZCNI
课程提纲
1.通过序列比对工具 BLAST学习,了解
蛋白编码基因的功能注释原理
2.介绍多序列联配工具C| stax
3.分子进化分析软件MEGA4的基本知
识,掌握系统发生树绘制的基本方法
ZCNI
序列比对的进化基础
什么是序列比对
将两个或多个序列按照最佳匹配方式排列在一起。
对应的相同或相似的符号排列在同一列上。
错配与突变相应,空位与插入或缺失对应。
序列比对的目的:
从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点,以推测他
们的结构、功能以及进化上的联系
通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性
相似性:可以被数量化,如:序列之间相似部分的百分
同源性:质的判断,两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断
ZCNI
BLAST
基本局部比对搜索工具( Basic Local Alignment Search
Tool)
NcB|上 BLAST服务的网址:
http://www.ncbi.nlm.nihgov/blast/
·NcB|上 BLAST程序的下载:
ftp: //ftp ncbi. nlm.nih. gov/blast/executables/release/
·NcB的 BLAST数据库下载网址
ftp: //ftp ncbi. nlm. nih. gov/blast/db/
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