DNA序列的分类模型.ppt

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方法一:基于字母出现的频率 方法二:基于字母出现的周期性 方法三:图解法 与 , 内积小的两个序列,相关性小, 而内积大的序列,相关性大, 即若 则归入A类, 否则它归为B类, 方法三 作业: 1 算出未知的序号与已知序号的内积,比较大小,判断出答案。答案以表格形式给出。 2 分别算出各序号的g与t的间距方差Var 与Var * 2000网易杯全国大学生数学建模竞赛题目 A题 DNA序列分类 罗清雨 下面有20个已知类别的人工制造的序列(见下页), 其中序列标号1—10 为A类,11-20为B类。 请从中提取特征,构造分类方法, 并用这些已知类别的序列, 衡量你的方法是否足够好。然后用你认为满意的方法, 对另外20个未标明类别的人工序列(标号21—40) 进行分类, 把结果用序号(按从小到大的顺序)标明它们的类别(无法分类的不写入): A类 ; B类 。 请详细描述你的方法,给出计算程序。如果你部分地使用了现成的分类方法, 1.aggcacggaaaaacgggaataacggaggaggacttggcacggcattacacggaggacgaggtaaaggaggcttgtctacggccggaagtgaagggggatatgaccgcttgg 2.cggaggacaaacgggatggcggtattggaggtggcggactgttcggggaattattcggtttaaacgggacaaggaaggcggctggaacaaccggacggtggcagcaaagga 3.gggacggatacggattctggccacggacggaaaggaggacacggcggacatacacggcggcaacgga cggaacggaggaaggagggcggcaatcggtacggaggcggcgga 4.atggataacggaaacaaaccagacaaacttcggtagaaatacagaagcttagatgcatatgttttttaa ataaaatttgtattattatggtatcataaaaaaaggttgcga 5.cggctggcggacaacggactggcggattccaaaaacggaggaggcggacggaggctacaccaccgtttcgg cggaaaggcggagggctggcaggaggctcattacggggag 6.atggaaaattttcggaaaggcggcaggcaggaggcaaaggcggaaaggaaggaaacggcggatatttcggaagtggatattaggagggcggaataaaggaacggcggcaca 7.atgggattattgaatggcggaggaagatccggaataaaatatggcggaaagaacttgttttcggaaatgg aaaaaggactaggaatcggcggcaggaaggatatggaggcg 8.atggccgatcggcttaggctggaaggaacaaataggcggaattaaggaaggcgttctcgcttttcgacaagg aggcggaccataggaggcggattaggaacggttatgagg 9.atggcggaaaaaggaaatgtttggcatcggcgggctccggcaactggaggttcggccatggaggcgaaaatcg tgggcggcggcagcgctggccggagtttgaggagcgcg 10.tggccgcggaggggcccgtcgggcgcggatttctacaagggcttcctgttaaggaggtggcatccaggcgtcg cacgctcggcgcggcaggaggcacgcgggaaaaaacg 11.gttagatttaacgttttttatggaatttatggaattataaatttaaaaatttatattttttaggtaagtaatccaacgtttttattactttttaaaattaaatatttatt 12.gtttaattactttatcatttaatttaggttttaattttaaatttaatttaggtaagatgaatttggttttttttaaggtagttatttaattatcgttaaggaaagttaaa 13.gtattacaggcagaccttatttaggttattattattatttggattttttttttttttttttttaagttaacc

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