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Linux操作基础补充材料
鞠佳
jvjia@genomics.org.cn
2012-07-10
Outline
awk语言介绍
Shell编程
其他常用linux命令
Outline
awk语言介绍
Shell编程
其他常用linux命令
awk语言
• 简介：
–awk 是一种编程语言，用于在 linux/unix 下对文
本和数据进行处理。
• 命令行格式：
–awk [option] ‘{script}’ file
awk语言
小RNA比对基因组文件
match_genome.test
t0000001 chr8 - AAAAGCTGGGTTGAGAGGGCGA 1207522
t0000002 chr7 130561507 130561528 - TAGCACCATCTGAAATCGGTTA 666454
t0000003 chr17 + TGAGGGGCAGAGAGCGAGACTTT 517382
t0000004 chr8 - AAAAGCTGGGTTGAGAGGGCGAA 506122
t0000005 chrX - AGCTACATCTGGCTACTGGGTCT 443898
t0000006 chr20 3898188 3898210 + AGCAGCATTGTACAGGGCTATGA 373686
t0000006 chr5 167987909 167987931 - AGCAGCATTGTACAGGGCTATGA 373686
t0000007 chrX - AGCTACATCTGGCTACTGGGTC 321794
t0000009 chr17 + TAGCTTATCAGACTGATGTTGAC 309509
t0000010 chr20 + TGGAATGTAAAGAAGTATGTAT 298687
……
测序序列ID 染色体 比对起始位置 比对终止位置 正负链 测序序列 表达量
awk语言
• Example 1：
– 打印文件中的第一列和最后一列，并加入表头TagId和
Expression；文件末尾加入end of report标记
awk BEGIN{print TagId \t Expression}{print
$1 \t$7}END{print end of report} match_genome.test
awk语言
• Example 2： 操作符 描述
– 找出比对到第一条染色体上 ~ 匹配正则表达式
并且序列中包括ATG 的tag ! ~ 不匹配正则表达式
= = 等于
!= 不等于
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