第二章原核微生物221上课讲义.pptVIP

第二节 原核生物的分类;2.任务： 分类、鉴定、命名 3.定义： 现代分类学基本上有两派,一派强调形态特征,一派强调亲缘关系。 形态特征————表现型 亲缘关系————基因型 ; ;种的概念： 种是一个基本分类单位，是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有明显差异的菌株的总称。 在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株作为具体标本，它就是该种的模式种。 标准菌株是人们最先发现,并进行过描述具有典型特征的菌株。; 新种： sp.nov.或nov. sp.，新被鉴定的种发表时应在其学名后标上sp.nov.的符号，新种发表前应将其模式菌株的培养物存放在一个永久性的保藏机构，并应允许人们从中取得。 一个微生物新种的建立必须在IJSB(International Journal of systematic Bactiology)(国际系统细菌学杂志)上发表。然后被添加在《细菌名称批准目录》中。 新种的标准菌株要送交“世界菌种保藏联合会”(WFCC),并存入微生物资源中心( Microbiologycal Resources Center)简称(MIRCEN)。;2、命名法规及双名法： 关于原核微生物的命名, 国际上有一个“国际细菌命名法规”该法规有以下主要规定: 1.细菌名称发表的优先权为1980年1月1日。 2.新种的命名不应与已发表的真菌,藻类、原生动物同名。 3.种名要用拉丁文,用双名法表示,新种要有典型菌株,新属要有典型种,并要同时发表菌种的保藏号。 4.新种(属)要在“国际系统分类细菌学杂志”(IJSB)上发表。 5.菌名的更改要得到仲裁委员会同意,并发表在IJSB上才能有效。 ;2、原核生物的名法： 命名原则：由“属名+种名”构成； 属名：用希腊字或拉丁字或拉丁化了的其它文字组成。属名用来描述主要特征，如形状、构造或者科学家的名字； 种名：用拉丁文或拉丁化的文字或人名表示,种名用来描述色素,来源或科学家的名字。;学名=属名+种的加词+（首次定名人）+现名定名人和鲜明定名年份 规定与常识： 属名应大写首字母、单数、可以组合外而成。种的加词代表一个种的次要特征，首字小写，倾斜。 例如:Bacillus thuringiensis Berliner 1915; ???名 种名 定名人 定名时间 ;三、原核生物的分类依据和方法;2、繁殖方式：二等分裂;（二）数值分类法;（二）数值分类法;(4)计算相似性 相似性在原核生物分类中,常用Sm(匹配系数)或Sj(相似系数)表示。二者的计算公式为： Ssm=(a+d)/(a+b+c+d) Sj=a/(a+c+b) 匹配系数公式常改为Ssm=(a+d)/(a+b+c+d)-nc a、表示两个OTU的性状编码皆为“1”的个数； b、表示一个OTU为“1”，另一个OTU为“0”的性状个数； c、表示一个OTU为“0”，另一个OTU为“1”的性状个数； d、表示两个OTU皆为“0”的性状个数。 ;特 征 ;计算匹配系数： ;? ;（5）分类结果的表示，绘出树状图 ;（三）化学分类法;（四）遗传分类法;2、核酸杂交通过测定两菌株DNA的碱基顺序的相似性(同源性),来判断两菌株的亲缘关系。;3、16srRNA碱基测序生物细胞中rRNA约占细胞RNA总量的80% 。主要用原核生物的16srRNA序列和真核生物的18srRNA碱基序列测定不同生物间的进化关系。;四、原核生物的分类系统;生物的三域学说; ;细菌的伯杰氏分类系统 ;细菌的伯杰氏分分类系统 ;伯杰氏系统细菌学手册第二版对原核微生物的分类 （该系统将原核生物分为2域（或界）25门39纲89目207科852属） 第一卷　古生菌，深刻分支的和光能营养细菌 古生菌域（或界）　含2门8纲12目20科69属 1.泉古生菌门(Crenarchaeota) 2.广古生菌门(Euryarchaeota) 细菌域（或界） 含23门31纲77目187科783属 3.产液菌门 4.栖热袍菌门 5.热脱硫杆菌门10.硝化螺菌门 10.硝化螺菌门? 6.异常球菌－栖热菌门 11.铁还原杆菌门 7.金矿菌门 12.蓝细菌门 8.绿屈挠菌门