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这篇文章于2019年6月26日发表在Journal of Cellular Biochemistry杂志上,影响因子为3.448。在本文中,作者通过生物信息学发现了与肺鳞状细胞癌发生发展密切相关的12个MiRNA和6个关键蛋白,它们可以作为肺鳞状细胞癌的诊断标志物和治疗靶点。
研究背景
根据CA杂志发布的2018年全球癌症统计报告,肺癌是最普遍的一种癌症,占癌症患者总数的11.6%。而且其死亡率也高居不下,在因癌症死亡的病人中占比高达18.4%。肺鳞状细胞癌作为肺癌中最普遍的一种癌症,其死亡率非常高,只有15%的病人能存活5年以上。这其中最重要的原因是缺乏关键的诊断和治疗策略,为了探究这个重要的科学问题,作者通过生物信息学对TCGA数据库中的肺鳞状细胞癌患者数据进行系统,发现了关键的诊断和治疗靶点。研究结果
1. 查询差异miRNA为了探究与肺鳞状细胞癌发生发展密切相关的miRNA,作者从TCGA数据库下载了523个样本数据,包括45个正常样本数据和478个肿瘤样本数据。通过对样本中miRNA表达进行分析,作者发现其中有90个miRNA在肿瘤中上调,9个miRNA出现下调。
2. 获取生存曲线为了进一步确定哪些miRNA的确参与肺鳞状细胞癌发生发展,作者对这些miRNA进行生存分析,发现有7个上调的miRNA(分别为miR‐301b, miR‐383, miR‐512,miR‐515, miR‐525, miR‐577, miR‐5682)和5个下调的miRNA(分别为miR‐448,miR‐486, miR‐4732,miR‐516, miR‐1911)与肺鳞状细胞癌患者的生存率密切相关。
3. 靶蛋白预测和功能富集分析接下来作者对这12个miRNA的靶基因进行预测,总共发现了344个靶基因。对这些靶基因进行GO功能富集分析(包括生物过程、细胞成分和分子功能三个方面),发现大部分基因都与细胞膜形成相关。
4. PPI互作网络构建为了确定影响肺鳞状细胞癌发生发展的关键靶基因,作者对预测获得的344个靶基因进行PPI互作网络分析,发现一个有197个节点,通过对这些节点进行级别分析,发现其中6个节点至关重要,分别为LRRK2, DLGAP5, CENPA, CHEK1,CALB1和TOP2A。
5. 靶基因生存分析为了确定这6个靶基因参与肺鳞状细胞癌发生发展,作者对它们分别进行生存分析,发现CALB1, CENPA, CHEK1, DLGAP5和TOP2A促进肺鳞状细胞癌发生,LRRK2抑制肿瘤发生。
总结这篇文章,可以看到思路比较简洁,先分析正常组织和肿瘤组织中的差异miRNA,通过生存率分析获得关键miRNA;接着预测靶基因,构建PPI蛋白互作网络,找出关键靶基因;最后进行生存分析,确定靶基因的功能。其实,在测序主导科研动向的今天,使用数据挖掘来快速发表文章已经比比皆是,但是能做到保质保量还是很难的。孙主任通过扎实的数据挖掘功底,在文章质量还是很有保障,思路也值得我们学习。如果觉得没看够,各位科研同行也可以欣赏一下他另外几篇类似的文章。希望在座的各位也能快速挖掘数据发文章,然后步步高升!
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