miRNA生信研究套路.docxVIP

  1. 1、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。。
  2. 2、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  3. 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
  4. 4、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
  5. 5、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们
  6. 6、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
  7. 7、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
这篇文章于2019年6月26日发表在Journal of Cellular Biochemistry杂志上,影响因子为3.448。在本文中,作者通过生物信息学发现了与肺鳞状细胞癌发生发展密切相关的12个MiRNA和6个关键蛋白,它们可以作为肺鳞状细胞癌的诊断标志物和治疗靶点。 研究背景 根据CA杂志发布的2018年全球癌症统计报告,肺癌是最普遍的一种癌症,占癌症患者总数的11.6%。而且其死亡率也高居不下,在因癌症死亡的病人中占比高达18.4%。 肺鳞状细胞癌作为肺癌中最普遍的一种癌症,其死亡率非常高,只有15%的病人能存活5年以上。这其中最重要的原因是缺乏关键的诊断和治疗策略,为了探究这个重要的科学问题,作者通过生物信息学对TCGA数据库中的肺鳞状细胞癌患者数据进行系统,发现了关键的诊断和治疗靶点。 研究结果 1. 查询差异miRNA 为了探究与肺鳞状细胞癌发生发展密切相关的miRNA,作者从TCGA数据库下载了523个样本数据,包括45个正常样本数据和478个肿瘤样本数据。通过对样本中miRNA表达进行分析,作者发现其中有90个miRNA在肿瘤中上调,9个miRNA出现下调。 2. 获取生存曲线 为了进一步确定哪些miRNA的确参与肺鳞状细胞癌发生发展,作者对这些miRNA进行生存分析,发现有7个上调的miRNA(分别为miR‐301b, miR‐383, miR‐512,miR‐515, miR‐525, miR‐577, miR‐5682)和5个下调的miRNA(分别为miR‐448,miR‐486, miR‐4732,miR‐516, miR‐1911)与肺鳞状细胞癌患者的生存率密切相关。 3. 靶蛋白预测和功能富集分析 接下来作者对这12个miRNA的靶基因进行预测,总共发现了344个靶基因。对这些靶基因进行GO功能富集分析(包括生物过程、细胞成分和分子功能三个方面),发现大部分基因都与细胞膜形成相关。 4. PPI互作网络构建 为了确定影响肺鳞状细胞癌发生发展的关键靶基因,作者对预测获得的344个靶基因进行PPI互作网络分析,发现一个有197个节点,通过对这些节点进行级别分析,发现其中6个节点至关重要,分别为LRRK2, DLGAP5, CENPA, CHEK1,CALB1和TOP2A。 5. 靶基因生存分析 为了确定这6个靶基因参与肺鳞状细胞癌发生发展,作者对它们分别进行生存分析,发现CALB1, CENPA, CHEK1, DLGAP5和TOP2A促进肺鳞状细胞癌发生,LRRK2抑制肿瘤发生。 总结这篇文章,可以看到思路比较简洁,先分析正常组织和肿瘤组织中的差异miRNA,通过生存率分析获得关键miRNA;接着预测靶基因,构建PPI蛋白互作网络,找出关键靶基因;最后进行生存分析,确定靶基因的功能。 其实,在测序主导科研动向的今天,使用数据挖掘来快速发表文章已经比比皆是,但是能做到保质保量还是很难的。孙主任通过扎实的数据挖掘功底,在文章质量还是很有保障,思路也值得我们学习。如果觉得没看够,各位科研同行也可以欣赏一下他另外几篇类似的文章。希望在座的各位也能快速挖掘数据发文章,然后步步高升!

文档评论(0)

152****6253 + 关注
实名认证
文档贡献者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档