2019-第六章表达序列分析-文档资料.pptVIP

第六章 表达序列分析;第一节 引言 ;(二) 什么是表达序列标签? （expressed sequence tag, EST） ;EST的获得途径;二、EST的用途;(一) ESTs与基因图谱的绘制 ;(二) ESTs与基因预测的验证;(三) ESTs与基因预测（ Blast数据库搜索）;(四) ESTs与SNP位点预测;(五) ESTs与基因表达谱的构建;(六) EST数据的不足;第二节 EST数据分析;一、cDNA文库的构建与EST数据的实验获取;EST技术流程;二、EST数据库;常用的EST数据库;（一）dbEST（database of EST） ;dbEST数据格式;在dbEST中检索数据;1. 检索栏内输入关键词，如“HBB Human”;2. 检索结果;3. 检索结果的解读;（二）UniGene数据库 ;1. 检索栏内输入关键词“HBB Human”;2. 获得检索结果页面;3. 检索结果解读;（三）Gene Indices数据库 ;三、EST数据分析方法;去除低质量的序列（如使用Phred） 应用BLAST、RepeatMasker或Crossmatch屏蔽数据组中不属于表达基因的赝象序列(artifactual sequences) ● 载体序列(/repository/vector)