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分子模型技术
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分子模型技术
computer aided molecular modeling, CAMM
computerized molecular modeling, CMM
molecular modeling ，MM
计算机分子模型技术,
分子模型技术
分子模拟
• 利用计算机图形学进行分子模拟的技术
• 为三维结构研究的有效手段——利用计算机来构造、显示、分析和贮存
复杂的分子模型，提供直观的分子立体形象，观察分子间的相互作用
分子模型技术
表示分子结构的实体模型
分子模型技术
分子结构的计算机分子模型
• 以各种不同的方式显示 –剪裁、连接、装配、组合、建造、叠合
• 在屏幕上随心移动分子 计算分子的性质
–围绕假定的轴旋转 –原子间距、角度、分子体积、表面积、分子形状
–分子的电子特性、氢键、供体/受体或带电基团的性质
–翻转并移向某个部位
显示分子间的相互作用
–可使特定的键转动
• 在屏幕上随心操作分子
分子模型技术
分子三维结构的显示方式
“Happy Dopamine”
分子模型技术
分子三维结构的显示方式
网状表面 不透明实体 半透明体
分子周围等电子密度 等静电势
“Happy Dopamine”
分子模型技术
分子三维结构的显示方式
HOMO轨道 LUMO轨道
“Happy Dopamine”
分子模型技术
生物大分子结构的表示方式
多巴胺受体
分子模型技术
生物大分子结构的表示方式
多巴胺受体
分子模型技术
生物大分子结构的表示方式
多巴胺受体
分子模型技术
Exercises
• Ribbon representation of protein • Cartoon (Kabsch-Sander)
backbone. Atoms and ribbon are representation of protein
colored by atom B-factors (except sec
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