基于microRNA及转录组测序筛选新疆野苹果幼苗响应NaCl胁迫相关基因.pdfVIP

摘 要 -1 本试验以新疆野苹果组培苗为试验材料，对 150mmol∙L NaCl 处理6h 和48h 后的新疆野苹果 幼苗叶片和根系进行了转录组和SmallRNA 测序，对获得的所有Unigene 在GO、KEGG 数据库中 进行功能注释和qRT-PCR 验证筛选出新疆野苹果响应NaCl 胁迫相关基因，为进一步探究新疆野苹 果幼苗响应NaCl 胁迫的作用方式提供参考。研究结果如下： -1 1、150mmol∙L NaCl 处理6h 和48h 的新疆野苹果幼苗叶片转录组测序数据分析发现：与对照 相比，新疆野苹果幼苗叶片差异表达基因 （DEG）NaCl 处理6h 时共713个，其中295个DEGs在 盐胁迫响应中上调表达，418个DEGs 下调表达；NaCl 处理48h 时差异表达基因为3364 个，1745 个DEGs 上调，1619个DEGs 下调表达。GO 主要富集在氧化还原酶活性、催化活性、PSII、光合 膜、类囊体、氧化还原过程、光合作用、木质素代谢过程等；KEGG 功能注释显示了新疆野苹果幼 苗叶片中与NaCl 胁迫相关的显著富集的是光合作用与植物激素信号转导途径。qRT-PCR 验证了6 个与光合作用相关基因PsaE、PsaN、PsbP、PsbW、PsbO、Psb27-1和4 个与植物激素信号转导相关 的基因PP2C37、SAPK2、PIF4、SRK2A 在新疆野苹果响应NaCl 胁迫中起着一定的作用。 -1 2、150mmol∙L NaCl 处理48h 新疆野苹果幼苗根系转录组测序数据分析发现：与对照相比， 新疆野苹果幼苗根系中DEG 在NaCl 处理48h 时为3808个，其中1057 个DEGs在NaCl 胁迫响应 中上调，2751个DEGs表达下调。新疆野苹果叶片和根系中所共有的差异基因有2095个得到注释， 共涉及44 个Pathway，富集最显著的主要为：糖酵解/糖异生、磷酸戊糖途径、果糖和甘露糖代谢、 丙酮酸代谢等。通过转录组测序和qRT-PCR 验证发现新疆野苹果受到NaCl 胁迫后，糖酵解过程中 TPI、FBPase、pckA、ppdK 基因表达量在叶片中下调，根系中上调表达参与NaCl 胁迫响应。 -1 3、150mmol∙L NaCl 处理6h 和48h 的新疆野苹果幼苗叶片small RNA 测序数据表明：与对 照相比，NaCl 处理6h 时3个miRNA 差异表达，2 个上调，1个下调表达，其对应的靶基因数目为 64 个；NaCl 处理48h 时13个miRNA 差异表达，4 个上调，9 个下调表达，对应的靶基因数目为 108个。对差异靶基因进行GO 和KEGG 分类注释，NaCl 处理6h 时，GO 主要富集包括：肌醇磷 酸2 激酶活性、寡糖基转移酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶抑制剂活性、木聚糖生物合成过程等； NaCl 处理48h 时，GO 主要富集包括：氧氧化还原酶活性、DNA 结合、质外体、次生代谢过程等， KEGG共同富集在N-glycan生物合成通路。qRT-PCR验证发现NaCl处理6h和48h时，mdm-miR390f 及其靶基因HF10976、mdm-miR171i 及其靶基因HF33844、mdm-miR399j 及其靶基因HF11095表 达量呈负相关，说明这3个miRNA 参与了新疆野苹果对NaCl 胁迫的响应过程。 -1 4、150mmol∙L NaCl 处理48h 的新疆野苹果幼苗根系smallRNA 测序数据表明：与对照相比， NaCl 处理48h 时，根系中的差异miRNA 数量为4 个，其中上调表达的为1个，下调表达的为3个， 靶基因数目为19个。新疆野苹果根系中GO 主要富集在硫酸腺苷酸转移酶活性、腺苷酸转移酶活性、 膜等、无机阴离子运输、硫化合物代谢过程，KEGG Pathway 主要富集在单杆菌素的生物合成、硒 化合物代谢、MAPK 信号传导途径-植物、植物病原体相互作用等通路。qRT-PCR 验证发现在根系 和叶片中，mdm-miR156o 及其靶基因HF27440、mdm-miR396b 及其靶基因HF18932 呈负相关。说 明这2 个miRNA 参与了新疆野苹果对NaCl 胁迫的响应过程。 关键词：新疆野苹果；NaCl 胁迫；