基因转录数据分析软件使用过程简介.pptVIP

芯片分析流程 原始数据标准化 差异筛选和统计分析 聚 类 分 析 功 能 分 析 靶基 因预 测 维 恩 分 析 Genespring(商业化) Excel FunNet DAVID MEV cluster Targetscan miRecords 网 络 图 Cytoscape Venny 差异筛选和统计分析 • 几个概念 平均值(mean)：平均数是指在一组数据中所有数据之和再除以数据的个 数。平均数是表示一组数据集中趋势的量数，它是反映数据集中趋势 的一项指标。 标准差(Standard Deviation)：是各数据偏离平均数的距离，它是离均差 平方和平均后的方根，用σ表示。标准差是方差的算术平方根。标准 差能反映一个数据集的离散程度。平均数相同的，标准差未必相同。 变异系数(CV)：标准差与平均数的比值，反映数据集的离散程度。 倍数变化(Fold change)：标准化信号值之间的比值。 p值：t检验用于判断两个平均数的差异是否显著的值。 平均值函数： AVERAGE • 标准差函数： Fold change值的求取： 注意：我们给到客户的标准化信号值都是经过log2为底转 化的，所以fold change值求取需要分几步： 1、test平均值-control平均值，得到的是log2(FC)； 2、取绝对值(使用的函数是ABS)； 3、以2为底取指数，得到的就是Fold change的绝对值。 (计算公式：=POWER(2,第二步的结果) • t检验(使用的函数是ttest) VLOOKUP函数匹配多列 多行匹配： $A1:绝对引用被查找的那一列 工作薄名！$A $2: $EW$17736：绝对引用查找区域的行和列 COLUMN():返回第几列 FALSE：精确匹配 功能分析 FunNet：/ DAVID: ttp:///home.jsp FunNet分析流程 选择物种，可选物种包括拟南芥、 线虫、斑马鱼、果蝇、鸡、人、小 鼠、大鼠、酵母九物种 上下调 不分开 11 不分上下调 导入不分 上下调的 数据 上下调 分开 13 分上下调 导入上调数据 导入下调数据 14 导入数据格式要求：不能有 空格，gene id不能有重复 此处GeneID 为Entregene 号 此处为各样本 标准化信号值 参考序列格式 15 Analysis Type之常规功能分析选项 GO富集分析选 项，BP/CC/MF 三部分 KEGG富集 分析 16 所有设置： 每一项参数设置 进行确认，无误 后提交数据。 输入邮箱地址，计算完成 后会将结果发送到邮箱。 给文件命名 17 DAVID分析流程 1 登录网站： 点击开始 数据分析 19 2 导入数据 在此文本框 内导入数据 点击此处选择输入数据特征， 例： •输入的是Agilent探针号如 A_19_P3420011等 ，则此处选 择AGILENT_ID; •输入的是GeneBank登录号如 NM_015355等，此处选择 REFSEQ_MRNA; •输入的是基因缩写如ME3等， 此处选择 OFFICAL_GENE_SYMBOL 点击此处选择 导入数据类型 以上选择完成 后点击此处提 交数据 20 3 数据分析 提醒：上传的数 据富集到多个物 种，点击确定继 续分析 21 3 数据分析 选择功能注释 工具进行分析 选择要进行分析的内容，例： •进行GO富集分析，选择 Gene_Ontology •进行Pathway富集分析选择 Pathways 点此选项可以 讲所有默认的 选择清除 此处可以选择用 图表形式展示 23 GO分析下拉菜单： 选择默认选项： BP/CC/MF Pathway分析下拉菜单： 选择KEGG_PATHWAY 24 4 数据导出 Options选项展开： 可以对阈值进行设置 此处两个值都设置为1， 可以查看全部数据的富 集分析情况，然后点击 Rerun Using Options 点击此处导 出分析数据 25 • 聚类分析 MEV软件 Cluster软件 MEV软件操作流程 1 打开MeV，导入数据。 选择源文件， 文件格式见 下一页 点击最左上角的第 一个数据，load 28 导入文件格式.txt 基因或miRNA名称， 可以是probe ID,gene symbol,miRNA等 相应样本的标准化 信号值 29 2 数据中位化(一般需对gene进行中位化) Gene中位化 30 3 进行聚类分析 31 选择层次聚类 选择欧式全连接 点击此处进行 参数设置 4 数据参数设置（1） 32 参数设置选 项分别设为 -n,0,n 在界面上右击后，对 该两处设置，去除黄 色圈中标志。 分别勾选掉此处 数据参数设置（2） 33 5 保存图像 注意保存名称上 加上.tiff 点击保