全基因组广义混合模型关联分析快速近似方法.pdfVIP

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2020-08-18 发布于江苏
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全基因组广义混合模型关联分析快速近似方法.pdf

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目录目录英文表缩写Ⅰ 摘要Ⅱ Abstract Ⅲ 1 前言 1 1.1 数量性状的基因组控制 2 1.2 连续性状混合模型关联分析 4 1.2.1 EMMA 法及其改进型 4 1.2.2 GRAMMAR 法及其改进型 6 1.2.3 CMLM 法 7 1.2.4 EMMAX 与P3D 法 8 1.3 间断性状的全基因组关联分析 8 1.3.1 logit 回归法 9 1.3.2 LTMLM 法 10 1.4 研究目标及意义 11 2 材料与方法 13 2.1 材料 13 2.1.1 模拟数据 13 2.1.2 实际数据 13 2.2 方法 14 2.2.1 基因组广义线性模型 14 2.2.2 基因组广义线性混合模型 15 2.2.3 主成分选择标准 16 2.2.4 间断性状的优化基因组控制步骤 16 2.2.5 程序实现 16 3 结果与分析 18 3.1 快速近似的统计性质 18 3.1.1 全标记计算亲缘关系矩阵 18 Ⅰ 全基因组广义混合模型关联分析快速近似方法 3.1.2 抽样标记计算亲缘关系矩阵19 3.2 快速近似统计检测效力比较21 3.2.1 全标记计算亲缘关系矩阵的比较21 3.2.2 抽样标记计算亲缘关系矩阵的比较23 3.3 案例分析24 3.3.1 冠状动脉粥样硬化性心脏病（CHD ）24 3.3.2 高血压疾病（HT ）25 3.3.3 类风湿关节炎（RA ）26 3.3.4 Ⅰ型糖尿病（T D ）27 1 3.3.5 Ⅱ型糖尿病（T D ）28 2 4 讨论30 5 结论31 参考文献32 附录38 致谢48 个人简历49 Ⅱ 英文缩写表英文缩写表英文缩写英文全称中文全称 GWAS genome-wide association study 全基因组关联研究 PCA principal component analysis 主成分分析 LMM linear mixed model 线性混合模型 GC genomic control 基因组控制 PCs principal components 主成分 GLM generalized linear model 广义线性模型 GLMM generalized linear mixed models