基于烟草全基因组重注释的碱性亮氨酸拉链鉴定与功能分析.pdfVIP

符号说明 bZIP : basic region leucine zipper, 碱性亮氨酸拉链 bp: base pair, 碱基对 TGI: tobacco genome initiative, 烟草基因组计划 CDS: coding sequence, 编码区序列 EST: expressed sequence tag, 表达序列标签 ABA: abscisic acid, 脱落酸 PEG: polyethylene glycol, 聚乙二醇 UTR: untranslational region, 非编码区 ABF: ABA response element binding factor, 脱落酸信号接收元件 CKII: casein kinase, 酪蛋白激酶II NPR1: nonexpressor of pathogenesis-related genes 1, 病程相关基因非表达子1 NCBI: National Center for Biotechnology Information, 美国国家生物信息中心 NJ: neighbor-joining , 邻接法 MyoD: myogenic determination gene, 生肌决定因子 LTRS: long terminal repeated segments, 长末端重复序列 LINES: long interspersed repeated segments, 长散在重复序列 SSRs: Simple Sequence Repeats, 简单重复序列 目 录 中文摘 要I Abstract III 1 前 言 1 1.1 烟草基因组的研究 1 1.2 基因组重注释 1 1.2.1 重注释概述 1 1.2.2 重注释的原理 2 1.2.3 重注释的方法 3 1.3 植物转录因子概述 3 1.3.1 转录因子的种类 4 1.3.2 转录因子的调控机制 5 1.4bZIP 转录因子的结构与分类 6 1.4.1bZIP 蛋白的结构特征 6 1.4.2 植物bZIP 蛋白的分类 6 1.5bZIP 转录因子的功能分析 8 1.5.1bZIP 转录因子在不同组织部位的表达 8 1.5.2bZIP 转录因子与植物激素 9 1.5.3bZIP 转录因子与环境胁迫 10 1.5.4bZIP 转录因子与抗病性 11 1.6 本研究的目的意义及主要内容 12 1.6.1 目的意义 12 1.6.2 主要研究内容 12 2 材料与方法 14 2.1 试验材料 14 2.2 基因组重新注释 14 2.3bZIP 基因的鉴定与基本信息 14 2.4bZIP 基因家族进化分析 15 2.5 基因保守域与基因结构分析 15 2.6 共表达网络分析 16 2.7NtbZIPs 基因的表达模式分析 16 2.8qRT-PCR 验证 17 3 结果与分析 19 3.1K326 基因组注释 19 3.1.1K326 基因组注释结果 19 3.1.2K326 基因组注释完整性评估 19 3.2NtbZIPs 在烟草中的鉴定 20 3.3NtbZIPs 的进化与基因结构特点 23 3.3.1 系统发育树的构建 23 3.3.2 保守结构域分析 24 3.3.3 基因结构组成特点 26 3.4NtbZIPs 的功能预测及蛋白互作网络分析 26 3.5NtbZIPs 基因的表达模式 28 3.5.1NtbZIPs 在烟草不同组织部位中的响应 28 3.5.2NtbZIPs 在非生物胁迫下的表达特性 28 4 讨论 30 4.1NtbZIPs 在烟草中的成员鉴定 30 4.2NtbZIPs 结构的多样化探析 30 4.3NtbZIPs 在烟草特定部位的差异表达功能性特性 31 4.4NtbZIPs 在逆境条件下的应答机制 31 5 结论 33 参考文献 34 致 谢 49 攻读学位期间发表论文情况 50 山东农业大学硕士学位论文 中文摘 要 普通烟草(Nicotiana tobacum)作为世界广泛种植的经济作物之一，其生长条件对水 分、温度等环境因素要求较高。烟草基因组序列的发布为在基因组水平上鉴定烟草的 抗逆基