Samtools文档翻译及简单示例.pdfVIP

程序帮助⽂件 显⽰帮助⽂件 $ samtools [CMD] indexing Note: --表⽰该⾏命令的输出格式，运⾏命令时不要加这些东西 dict 为fasta⽂件创建序列字典⽂件，⼀般⽤于⼤的参考序列⽂件,⼀些call snp的软件会⽤到⽣成的dict⽂件 使⽤命令 为： $ samtools dict ref.fasta|ref.fasta.gz -- ref.fasta.dict faidx 为fasta⽂件创建索引⽂件，或者从fasta⽂件中提取相应的区域 使⽤命令为: $ samtools faidx ref.fasta [regions] -- ref.fasta.fai or region.fasta index 为BAM或CRAM⽂件创建索引⽂件从⽽使随机仿问更加快速 （对SAM⽂件⽆效） 使⽤命令为： $ samtools index aln.bam --aln.bam.bai Statistics bedcov 输出每个panel的总匹配碱基数，或者将⼀个panel中每个碱基的深度加到⼀起。panel指的是每个bed中的⼀个窗 ⼝，由chrID,start,end定义 使⽤⽅法: $ samtools bedcov panel.bed input.bam -- STDOUT output format: chrid start end total-depth depth 输出每个碱基的深度，即匹配到的次数。可以通过-b 添加bed⽂件，来缩⼩输出范围。 另外，默认最⼤深度为 8000,如果是⾼深度测序应该通过-d或-m来定义更⼤的深度。 如果需要统计深度为0的位点，应该加上-a选项。 参 数较多，⽤到时可以⾃⾏查看。 使⽤命令为： $ samtools depth input.bam --STDOUT flagstat 对bam⽂件进⾏简单的统计，⼀共有13项，根据QC结果，每⼀项都分PASS和FAIL ，⼀般都是PASS ，毕竟⼀般QC 都在⽐对前做过了，低质量的⼤都给过虑了。 这13项包括： total reads, (总的reads数) secondary, supplementary, duplicates, (冗余reads数) mapped, (匹配上的reads数) paired, （成对的reads数） read1, read2, properly paired, with itself and mate mapped, singletons, with mate mapped to a different chr, with mate mapped to a different chr(mapQ5) 使⽤命令： $samtools flagstat input.bam --STDOUT idxstats