中科大MaterialsStudo培训教程包你学会请将这一系列全看完一定有收获.pptVIP

过渡态(能量鞍点) 反应势垒 反应物 反应能 产物 反应坐标  用 LST/QST搜索过渡态 目的:介绍如何使用DMo|3和 Reaction Preview工具进行过渡态搜索的计算。 对简单反应,这种方法是有效的 模块: Materials Visualizer,DMo|3 前提:用局域内坐标对固体进行结构优化 背景 对任何反应的势能面的探索都要求知道反应进程中每一步的结构和能量, 或者动力学和热动力学的快照( snapshots)。特别重要的是决定反应速率的那一步 这通常需要找到那些难以捕获的过渡态结构。有一些方法对找到过渡态的结构是 很有效果的,其中比较知名的就是线性同步度越(1 inear synchronous transit LST和二次同步度越( quadratic synchronous transit,QST)。 本例中,我们将介绍DMo中的 LST/QST工具的使用,将会看到如何使用 LST/QST搜索乙烯醇转变为乙醛的H转移反应的过渡态结构。 CH2CHOH→CH3CHO 本例包括以下内容 1.建立一个计算模型 2.优化分子结构 3定义原子对 4用 LST/QST的方法计算过渡态 5优化过渡态结构  1.建立一个计算模型 选择 creating a new project,建立名为 vinylON的 Project 司 viny loh-Ma El viny loH Mater Ctrl+N 包 en pro 在本单元中,你要在两个不同的3 D Atomistic界面中建立反应物和产物模型。第 步就是打开一个新的3 D Atomistic界面,构建反应物乙烯醇( vinyl alcohol)。 点击工具栏里的 New button,选择3 D Atomistic File Edit yiew Modify 在 Sketch e-B-B-攻好梨·当三 B 3D Atomistic. xsd 工具条上,点击 Sketch Aton按钮ρ。将鼠标移至 3 D Atomistic界面,连续点击三次鼠标,画三个连接的 碳原子。按一下键盘上的ESC键。  IB3D Atomistic xsd* 改为球棍显 Alom Molecule Explorers ply建e tatus B r No 在3 D Atomistic上,点击选择第三个 a:D) Atomistic. xsd C原子。点击 Modify Element按钮上 的选择箭头,选择氧元素。刚才被选 的原子由碳原子变成了氧原子。 wtion Grouos 点击碳-碳键一次,选中。点击 Sketch 具条上的 Modify Bond Type键画·,选 Single Bond 择双键,从而把单键变成双键。点击别处 取消选择碳-碳键  按下 Adjust Hydrogen按钮助·,点 岛、 d just Hydrogen 击一次 Clean按钮韜,拖动结构模 型,使得和下图相似,以球棍模型显 tomistic xsd omatiC. s 在 Project浏览器内,右击 3 D Atomistic,sd,选择 vinylON Rename,将其重新命名为 在3 D Viewer上选择 Selection按钮,双 击乙烯醇结构中的任何一个原子。 这样乙烯醇的每一个原子都被选上,颜色显 示为黄色  在键盘上按下CTRL+C 选中的结构文件被复制到了剪贴板。 用File/NeW.打开一个新的3D Atomistic文件,按下键盘上的 结构模型被粘贴到刚刚新打开的 oen ProJec 国多 对原子重新排布以得到产物结构。 图u *在这个新的3D界面文件中,点击OH键。按下键 盘上的 DELETE键。点击 Sketch Aton按钮,然 后是孤立的H原子,以及亚甲基团中的C原子。如 果画分子有问题,则删除3 D Atomistic. xsd上的原子, 再进行CTRL+C、CTRL+V。  点击一次CO键,由单键改为双键。 连续双击CC键,C-C键就会由双键变为三键,然后又变 成单键。 点击一次c|ean按钮象。 现在结构就和下面的看上去相似了。  现在需要把该结构的文件名改为 product. xsd。右击工作浏览器 同 vinyl0H Project的3 D Atomistic. xsd El vinyloN 将其名称改为 product. xsd,回 车 2.优化分子结构 为了优化 LST/QST的计算性能,需要对反应物和产物的结构进行优化。这个工作可 以通过DMo3