基因功能究方法.ppt

第十章,基因功能的研究方法 计算机预测基因功能 实验确认基因功能 1.基因失活是功能分析的主要手段 1基因敲除( Gene knock-out) 1.2基因敲除的技术路线 1.3基因敲除的主要应用领域及国内外研究进展 1.4基因失活的表型效应有时不易分辨 转座子突变库的构建 21插入序列 22实验步骤 3.内含子归巢突变 4.基因的超表达用于功能检测 反义RNA 5.1反义RNA的分类和作用机制 5.2 ticRNA( transcription inhibitory complementary RNA 53反义RNA的功能 53.1调控细菌基因的表达 53.2噬菌体溶菌傛溶源状态的控制 533IS10转位作用的抑制 54人工合成构建反义RNA 5使反义RNA分子稳定的方法 其他的基因功能研究方法 噬菌体展示( phage display) 2.酵母双杂交( yeast two-hybridization 2.1概念 22实验步骤 2.3利用酵母双杂交发现新的蛋白质和蛋白质的新功能 24利用酵母双杂交在细胞体内研究抗原和抗体的相互作用 2.5利用酵母双杂交筛选药物的作用位点以及药物对蛋白质 之间相互作用的影响 26利用酵母双杂交建立基因组蛋白连锁图( Genome Protein Linkage Map 3.开放读框顺序标签( (open-reading-frame sequence tags. OSTs) ◆确认DNA顺序中的基因序列后,下一个问题 就是探知其功能,这是基因组研究的一个难度 很大的领域 些已完成测序的基因组顺序分析表明,我们 所了解的基因组内容比真实的情况少的多。如 大肠杆菌与啤酒酵母,在未开始基因组测序前 已经完成了大量常规的遗传学分析,当时遗传 学家认为这2种生物的大多数基因已经通过突 变鉴定,但实际上还有很多空白 ⑩大肠杆菌编码蛋白质的428个基因中,以往知 首的只有1853个,仅占43‰。至于啤酒酵母, 所知更少,仅为30%。 计算机预测基因功能 计算机预测基因功能的依据仍然是同 源性比较。同源基因都有1个共同的祖 先基因,他们之间有许多相似的顺序 同源基因可以分为2类: 种间同源基因或直系基因 orthologous gene)这是指 不同物种之间的同源基因,它们来自物种分隔之 前的同一祖先。 种内同源基因或平行基因( paralogous gene)同一种 生物内部的同源基因,它们常常是多基因家族的 不同成员,其共同的祖先基因可能存在于物种形 成之后,也可能出现于物种形成之前。 同源基因一般不会有完全一致的核苷酸顺序,因 为这两个基因在出现后独立的发生随机突变,但 它们有相似的顺序组成,大部分未突变的核苷酸 位置是相同的 ⑩当一个新的基因序列被确认后,根据同源性可从 数据库中查找已知顺序的同源基因。根据进化的 相关性可从已知的同源基因推测新基因的功能 根据同源性预测基因时必需注意以下几点: 1.一般认为a的一致性或相似性在25%以上 可视为同源基因 2.同源性与相似性的含义不同,如a顺序的 80%的相似性不能称为同源性 3.一致性常指同一位置同一aa在整个多肽序 列中所占的比例,而相似性除一致性a 还包括可取代a的成员,因此相似性a的 比例总是高于一致性aa。 同源性分析可以给出整个基因或 某一区段功能的信息 冫同源查询除了直接比较DNA顺序外,还可将DNA 顺序翻译为a顺序。由于组成蛋白质的a有20多 种,而DNA核苷酸只有4种,因此a顺序的差异要 比核苷酸的差异大的多。 以a顺序进行同源性比较的结果更为准确,也更 加可行。已有许多软件可用于这项分析,常用的 是 BLAST。研究者只要将资料以正确格式的电子 邮件发送到DNA资料库 BLAST服务站,很快就会 得到回音。 有时在2个无明显亲缘关系的基因之间会出 现局部相似的区段。这种情况表明,2个无 亲缘关系的蛋白质可能具有相似的功能,相 似的顺序是功能的核心区域。 虽然基因本身无共同的祖先,但其功能域却 有共同的起源。它们都是古老祖先的后裔, 在进化中一方面发生独立突变,另一方面又 因基因组重排成为新基因的组成部分。例如 信号传导蛋白,这类蛋白质一般都有2个基 本的功能域,即接受信号的功能域和传达信 号的激酶域。