实验五蛋的白质序列剖析.pptVIP

基因与蛋白质组学数据分析 实验五:蛋白质序列分析 杜娟 dujuannx@126.com 实验项目五:蛋白质序列分析 实验目的和要求 ·掌握蛋白质基本性质分析;基本理化性质 和疏水性分析。 ·掌握蛋白质信号肽的预测,亚细胞定位的 预测,跨膜结构及卷曲螺旋结构的预测。 ·了解基于motf、结构位点、结构功能域数 据库的蛋白质功能预测 掌握基于序列同源性分析的蛋白质功能预 (一)蛋白质基本理化性质分析 蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质的基本性质 相对分子质量氨基酸组成 等电点(P)消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 实验方法: 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 ·缺点:费时、耗资 基于实验经验值的计算机分析方法 软件 Bioedit 网络工具 ProtParam, Compute Pl 基于一级序列的组分分析 氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考 EXPASy( Expert Protein Analysis System)开发的 针对蛋白质基本理化性质的分析 Protparam工具 CSe 5A EXPASy 蛋白质理化性质分析 Protparam工具 /tools/protparam.html 计算以下物理化学性质: 相对分子质量理论pI值 ·氨基酸组成原子组成 消光系数 半衰期 ·不稳定系数脂肪系数 总平均亲水性 主要选项/参数 序列在线