RNA建库流程 课件.pptVIP

根据细胞的种类对RNA研究对象进行划分 * PCR后跑胶，PAGE胶，切胶回收 137-150bp 该流程图，是Trueseq small RNA文库构建的流程图 small RNA文库构建：需要比较的材料，分别提取总RNA。利用small RNA在5’端带有磷酸基，3’端带有羟基的特性，直接在两端连上接头，再通过反转录、PCR扩增和PAGE胶电泳回收最终获得small RNA文库。 以total RNA起始所构建的small RNA文库中会有mRNA或rRNA污染吗？ A10：一般不会，因为在small RNA建库过程中需要进行PAGE胶电泳纯化，只有符合small RNA大小的片段才回收。因此，只有降解或断裂到与small RNA片段大小相同且两端连接上正确接头的mRNA或rRNA才有可能被引入small RNA文库，而样品建库前都要经过严格的质检，降解的样品是不建议建库的，所以mRNA或rRNA污染的概率是很小的。 Illumina HiSeqTM 2000深度测序所得的小RNA(sRNA)几乎涵盖所有RNA，包括miRNA、siRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon或intron降解片段等。 样品RNA降解与否是如何检测： * RNA建库流程 * From Weihua Zeng Ali Mortazavi Nature immunology 一、RNA-seq实验流程 样品制备 样品检测 文库构建 文库库检 上机测序 二、文库类型 RNA mRNA 根据研究对象不同选择相应的建库方法： mRNA/lncRNA建库流程 * Oligo dT磁珠富集mRNA Ribo-zero kit去除rRNA * 产品 厂家 货号 规格 Ribo-Zero Magnetic Kit（bacteria） Epicentre MRZB12424 6/24Rxns Ribo-Zero Magnetic Kit (Plant Leaf) Epicentre MRZPL116 6/24Rxns Ribo-Zero Magnetic Kit (Plant Seed/Root) Epicentre MRZSR116 6/24Rxns Ribo-Zero Magnetic Gold Kit (Epidemiology) Epicentre MRZE706 6/24Rxns Ribo-Zero Magnetic Gold Kit (Human/Mouse/Rat) Epicentre MRZG12324 6/24Rxns Ribo-zero kit去除rRNA * Ribo-Zero? Kit Selection Guide /applications/rna-sequencing/rrna-removal/ribo-zero-and-globin-zero-kit-selection-guide * 普通转录组、DGE文库 链特异性文库 Small RNA文库构建流程 P OH 根据细胞的种类对RNA研究对象进行划分 * PCR后跑胶，PAGE胶，切胶回收 137-150bp 该流程图，是Trueseq small RNA文库构建的流程图 small RNA文库构建：需要比较的材料，分别提取总RNA。利用small RNA在5’端带有磷酸基，3’端带有羟基的特性，直接在两端连上接头，再通过反转录、PCR扩增和PAGE胶电泳回收最终获得small RNA文库。 以total RNA起始所构建的small RNA文库中会有mRNA或rRNA污染吗？ A10：一般不会，因为在small RNA建库过程中需要进行PAGE胶电泳纯化，只有符合small RNA大小的片段才回收。因此，只有降解或断裂到与small RNA片段大小相同且两端连接上正确接头的mRNA或rRNA才有可能被引入small RNA文库，而样品建库前都要经过严格的质检，降解的样品是不建议建库的，所以mRNA或rRNA污染的概率是很小的。 Illumina HiSeqTM 2000深度测序所得的小RNA(sRNA)几乎涵盖所有RNA，包括miRNA、siRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon或intron降解片段等。 样品RNA降解与否是如何检测： *