10蛋白质结构分析和预测1.pptVIP

? SOSUI 工具 ： - http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/ ? 以图形方式返回结果，需要 Java Applet 程序 输入氨基酸单字母 运行 平均疏水值 预测的跨模螺旋区域 两种跨膜 Helix 预测区域的螺旋示意图 平均疏水值 预测的跨模螺旋区域 两种跨膜 Helix 33 亲疏水轮廓 跨膜蛋白序列“边界”原则 - Landolt Marticorena et al., 1993 ? 胞外末端－ Asp 、 Ser 和 Pro ? 胞外 - 内分界区域－ Trp ? 跨膜区－ Leu 、 Ile 、 Val 、 Met 、 Phe 、 Trp 、 Cys 、 Ala 、 Pro 和 Gly ? 胞内 - 外分界区域－ Tyr 、 Trp 和 Phe ? 胞内末端－ Lys 和 Arg ? 两股或两股以上 α 螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构 ? 存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋 白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分 子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能， 37 蛋白质卷曲螺旋域分析 ? 典型的有亮氨酸拉链，存在 7 残基 重复结构（ heptad repeat) ，以 a ， b ， c ， d ， e ， f ， g 位置表示，其中 a 和 d 位置为疏水性氨基酸，而其他位置 残 基为亲水性 ? COILS- /software/COILS_form.html ? PEPCOIL- http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.html 蛋白质卷曲螺旋域分析 工具 网站 备注 Coils /software/C OILS_form.html 主流的预测螺旋卷曲工具 Paircoil2 /cb/paircoil 2/paircoil2.html 由 MIT 大学开发的基于残 基配对概率算法的预测工 具 PEPCOIL http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interf aces/pepcoil.html 由 EMBOSS 维护的预测卷 曲螺旋程序，同 Coils 类似 SOCKET server http://www.lifesci.sussex.ac.uk/resea rch/woolfson/html/coiledcoils/socket/ server.html 一个分析蛋白质结构中卷 曲螺旋的工具，其输入数 据格式为蛋白质结构数据 TRESPASSER http://comp.chem.nottingham.ac.uk/c gi-bin/trespasser/trespasser.cgi 由 Nottingham 大学开发的 亮氨酸拉链结构识别工具 2ZIP http://2zip.molgen.mpg.de/index.html 预测蛋白质序列中潜在的 亮氨酸拉链结构和卷曲螺 旋 蛋白质卷曲螺旋预测工具 ? COILS - /software/COILS_form.html ? COILS 蛋白质卷曲螺旋预测方法基于 Lupas 算法，是目前主流的 卷曲区域预测算法 ? 一般滑动窗口的大小采用 7 的倍数 蛋白质卷曲螺旋分析 选择滑动窗口大小 选择打分矩阵 和权重 选 择 输 入 格 式 ， 选 择 “ SwissProtID or AC ” 查 询 内 容 ， 输 入 “ GO45_HUMAN ” 图形结果 2. 蛋白质二级结构预测 1. Chou-Fasman predictions: Empirical 2. Garnier, Osguthorpe and Robson (GOR): HMM 3. David T. Jones: PSSM 4. Frishman, Argos: Nearest neighbor methods 5. Sujun Hua: Support vector machine Chou-Fasman 1. 预测三种主要的二级结构： -helix, b-sheet ， Coils 2. 训练数据： 15 个已知构象的蛋白质结构，共 2473 个氨基酸残基 3. 定义：蛋白质构象参数 (protein conformational parameters): 氨基酸残基在二级结构中的重要性 ? P α , P β , P c 氨基酸在各种二级结构中的频率 Inner Helix: Included in Helix P α , P β , P c 的计算 P = f i f j ? 20 第 9 讲 蛋白质结构分析和预测 生物信息学 DNA sequence Protein sequence Protein structure