用PhyM的L构建系统发育树.pptVIP

PhyML系统发育树构建 2012-11-28  PhyML简介 Phy ML是采用最大似然法估计核苷酸或氨基 酸序列系统发生分析的软件  PhyML 3.0: new algorithms, methods and utilities http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/  Phy ML可以在线使用了 T: -meese物 9+日d I AIGCH Phy ML 3.0: new algorithms, met R的 v  Phy ML分析序列步骤 一、输入的序列格式要求 、 PhyML中各项参数的设置及程序的运行 三、结果解释  、输入的序列格式要求 ·要求为 phylip格式,扩展名为“phy”。序列可通过软件 Clusterⅸ或网页直接生成。将 fasta格 式的文件直接拷贝到网页上,即能形成。网址为:http://www.ebi.ac.uk/cgi-bin/readseq.cgi 有两种序列展示方式,一种为交互式的,即 interleaved,另一种为顺序式的,即 sequential。如下图。一定要注意。因为后面的 PhyML设置中,需要这一项参数设置。 PHYLIP interleaved TCACGGTCGGTACGATACACCKGCTTTTGGCAGGAAATGGTCAATA