LAMMPS软件与分子模拟的实现回顾.pptVIP

Lammps计算输入文件 # LJ potentials(指定原子作用势) pair_style lj/cut 2.5 #指定lj势，截断半径为2.5 pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5 #指定lj势参数 # define groups（便于加载） Region 1 block INF INF INF 1.25 INF INF Group lower region 1 #定义lower组（便于施加外加速度） Region 2 block INF INF 38.75 INF INF INF Group upper region 2 #定义upper组（便于施加外加速度） Group boundary union lower upper #定义总边界组 Group mobile subtract all boundary #定义可动原子组（便于统计温度） .......... Lammps计算输入文件 region leftupper block INF 20 20 INF INF INF region leftlower block INF 20 INF 20 INF INF group leftupper region leftupper group leftlower region leftlower #定义左上、左下原子组（便于指定裂纹的存在） set group leftupper type 2 set group leftlower type 3 set group lower type 4 set group upper type 5 #指定原子类型（便于指定裂纹的存在） .......... Lammps计算输入文件 # initial velocities初始化速度 compute new mobile temp #定义温度的计算（可动区域内统计平均） compute new2 mobile stress/atom #定义原子应力的计算（整个区域） Velocity mobile create 0.01 887723 temp new #按指定的温度（0.01）计算方法，初始化原子的速度 Velocity upper set 0.0 0.3 0.0 #upper原子组y方向的速度为0.3 Velocity mobile ramp vy 0.0 0.3 y 1.25 38.75 sum yes #mobile原子的速初始度从0到0.3线性变化 # fixes施加约束 fix 1 all nve #nve系综的积分算法 fix 2 boundary setforce NULL 0.0 0.0 #边界boundary上力条件，钢化原子，便于加载！！ .......... Lammps计算输入文件 # run运行计算 timestep 0.003 #时间间隔步 Thermo 200 #每200步输出热动力学统计量 thermo_modify temp new #计算温度通过new指示的方法计算 neigh_modify exclude type 2 3 #原子2，3之间作用取消（也就是通过不使他们在近邻表中出现实现） Dump 1 all atom 500 dump.crack #每隔500步将原子信息写入文件dump.crack Dump 2 mobile custom 500 dump2.crack tag x y z c_new2[2] run 5000 #进行5000步的模拟 .......... B.使用EAM势模拟Ni的剪切行为 Z‘ x Y’ 100 010 001 011 011 y z .......... # 3d metal shear simulation 3维金属剪切模拟 Units metal #采用金属材料单位 boundary s s p #施加z方向的周期边界条件 atom_style atomic #定义原子之间的相互作用（没有键键作用） Lattice fcc 3.52 #指定晶格为fcc，晶格常数3.52埃 Region box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427 #定义区域box （x上下限，y上下限，z上下限） create_box 3 box #在box区域内创建包含3种原子类型的simulation box Lammps计算输入文件 .......... Lammps计算输入文件 Lattice fcc 3.52 orient x 1 0 0 orient y 0 1 1 orient z 0 -1 1 origin 0.5 0 0 #指定晶格类型、晶格常数、x,y,z坐标的晶向