系统发育树构建方法优劣.docxVIP

.邻接法邻接法（neighbor-joiningmethod , NJ）由Saitou和Nei（1987）提出，NJ法是基于最小 进化原理经常被使用的一种算法， 它不检验所有可能的拓扑结构， 能同时给出拓扑结构和分 支长度。在重建系统发生树时，它取消了 UPGMA 法所做的假定，认为在进化分支上，发生 趋异的次数可以不同。 最近的计算机模拟已表明它是最有效的基于距离数据重建系统树的方 法之一。该方法通过确定距离最近 （或相邻 ）的成对分类单位来使系统树的总距离达到最小。 它的特点是重建的树相对准确， 假设少， 计算速度快，只得一棵树。其缺点主要表现在将序 列上的所有位点等同对待，且所分析序列的