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多序列比对与 Clusia的使用, 以及各类常见的序列分析工具 介绍 中山大学生科院 2004年10月 内容提要 第一部分:多序列比对 意义、方法、算法 Clusia的使用 1. Clustalx 2. Clustalw 第二部分:常见的序列分析软 件分类简介 第一部分: 多序列比对及 Clustal的使用 序列相似性比较和序列 同源性分析 序列相似性比较: 就是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较, 用于确定该序列的生物属性,也就是找出与此序列相似 的已知序列是什么。完成这一工作只需要使用两两序列 比较算法。常用的程序包有 BLAST、 FASTA等; 序列同源性分析 是将待研究序列加入到一组与之同源,但来自不同物 种的序列中进行多序列同时比较,以确定该序列与其它 序列间的同源性大小。这是理论分析方法中最关键的 步。完成这一工作必须使用多序列比较算法。常用的程 序包有 CLUSTAL等 多序列比对的意义 用于描述一组序列之间的相似性关系, 以便了解一个基因家族的基本特征,寻 找 motif,保守区域等。 用于描述一个同源基因之间的亲缘关系 的远近,应用到分子进化分析中。 其他应用,如构建 profile,打分矩阵等 多序列比对的方法 同源性分析中常常要通过多序列比对来 找出序列之间的相互关系,和 blast的局 部匹配搜索不同,多序列比对大多都是 采用全局比对的算法。这样对于采用计 算机程序的自动多序列比对是一个非常 复杂且耗时的过程,特别是序列数目多, 且序列长的情况下。 多序列比对的方法 基本上多序列比对可以分为 手工比对(辅助编辑软件如 bioedit, seaview, Genedoc等) 通过辅助软件的不同颜色显示不同残基,靠分 析者的观察来改变比对的状态。 2.计算机程序自动比对 通过特定的算法(如同步法,渐进法等),由 兽机程序自动搜索最佳的多序列比对状态。 自动多序列比对的算法 1同步法 将序列两两比对时的二维动态规划矩 阵扩展到三维矩阵。即用矩阵的维数来 反映比对的序列数目。这种方法的计算 量很大,对于计算机系统的资源要求比 较高,一般只有在进行少数的较短的序 列的比对的时候才会用到这个方法 自动多序列比对的算法 2步进法 最常见的就是 clustal所采用的方法。 其基本思想就是基于相似序列通常具 有进化相关性的这一偎设 Clusia的渐进比对过程 在比对过程中,先对所有的序列进行 两两比对并计算它们相似性分值,然后 根据相似性分值将它们分成若干组,并 在每组之间进行比对,计算相似性分值。 根据相似性分值继续分组比对,直到得 到最终比对结果。在比对过程中,相似 性程度较高的序列先进行比对而距离较 远的序列添加在后面。