虚拟分子对接分解.pptVIP

虚拟筛选 ◆虚拟筛遮( virtual screening,Vs) 也称针算机筛选,即在进行坐物活性筛 选之前,在升算机上对化合物分子进行预筛 ,以降低实际筛化合物數目,同时提高 先导化合物发现效率。 虚拟筛的意义 筛的对g 化合物数据库 虚拟的 实际存在的 不消耗样品,降低筛选成本 考虑化合物分子的药动学性质和毒性,增加筛选的内涵 虚拟筛迭的效率 例:蛋白酪氨酸磷酸酯酶 1B(PIP1B)抑制剂的发「点 现经虚拟筛选,再作生物 学测试,虛拟筛选的命中 率比随机的高通量筛选提 高1,700倍 compds hits with ICso hits with ICso hit rate technique tested I00 /M CI0/M (%) 400000 6 0.021 docking 365 127 21 34.8 虚拟筛选技术的分类 根据靶点的结构知识 基于靶点结构的虚拟筛选 分子对接 基于配体相似性的虚拟筛选 药效基团搜寻 对接——受体和配基之间通过能量匹配和空间匹配而 相互识别形成分子复合物,并预测复合物结构的操作过 程 数据库 基于分子对接的筛选方法 基于一个靶点(豳、受体、离子邏道、醱等)的三 维结构,常常采用分子对接的虚拟筛选方法从小分子敝 据库中找到能与之匹配的候進化合物。所谓分子对接是 差于两个或多个分子之向通过几何匹配和能量匹配相互 识别的过程,即在药物分子和靶酶产生芮撤的反应过程 中,两个分子先充分接近,然后采取合造的取向,使酉 者在要的部位相互契合、发生作用,进而通过枸象调 整形成鸦定的复合物。 基于分子对接的筛选方法 在通常的分子对接中,小分子的构象是柔性的,如 果筛选一个分子数目过多的数据库(如 ACD-SC 那么整个虚拟筛选过程将非常耗时。因此,通常可 先设定一些条件,比如 lipinski的“5倍律经验规则” 等一系列类药性条件,先对该库进行过滤,从而快 速缩小三维数据库的规模。另外,如果针对某个靶 点,已经获得相关抑制剂的结构,则可采用分子形 状匹配的方法(如exS),对数据库进行初筛,保 留其中与已知抑制剂形状相似的分子。经过这些初 步筛选之后,再采用基于分子对接的虚拟筛选从数 据库中找出可能与靶点相互匹配的有机小分子