蛋白质二级结构+预测软件[汇报].pptVIP

基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测蛋白质的磷酸化与糖基化对蛋白质的功能影响很大，所以对其的分析也是生物信息学的一个部分。同时，分子进化方面的研究表明，蛋白质的不同区域具有不同的进化速率，一些氨基酸必须在进化过程中足够保守以实现蛋白质的功能。在序列模式的鉴定方面有两类技术，第一类是依赖于和一致性序列（consensus sequence）或基序各残基的匹配模式，该技术可用于十分容易并快速搜索motif数据库。Motif数据库-PROSITE最好的是PROSITE/prosite） * 精品PPT | 借鉴参考 InterProScan综合分析网站InterProScan是EBI 开发的一个集成了蛋白质结构域和功能位点的数据库，其中把SWISS-PROT,TrEMBL.PROTSITE.PRINTS.PFAM.ProDom等数据库提供的蛋白质序列中的各种局域模式，如结构域，motif等信息统一起来，提供了一个较为全央的分析工具。www.ebi.ac.uk/interpro/scan.html * 精品PPT | 借鉴参考 蛋白质的结构功能域分析简单模块构架搜索工具（simple modular architecture research tool,SMART）一个较好的蛋白质结构功能域的数据，可用于蛋白质结构功能域的分析，所得到的结构域同时提供相关的资源的链接http://smart.embl-heidelberg.de/ * 精品PPT | 借鉴参考 蛋白质结构预测PDB数据库蛋白质基本立体结构数据库(PDB, )其中有大量工具用于查看PDB数据库中的结构，如rasmol，可用于显于出蛋白质的空间结构，下载地址：/microbio/rasmol） * 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 精品PPT | 借鉴参考 蛋白质二级结构预测软件蛋白质二级结构的预测通常被认为是蛋白结构预测的第一步，二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成分可以把球形蛋白分为全α蛋白、全β蛋白、α＋β蛋白和α/β蛋白等四个折叠类型。 * 精品PPT | 借鉴参考 预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依据，用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。 * 精品PPT | 借鉴参考 目前较为常用的几种方法有：PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA，其中最常用的是PHD。PHD结合了许多神经网络的成果，每个结果都是根据局部序列上下文关系和整体蛋白质性质（蛋白质长度、氨基酸频率等）来预测残基的二级结构。那么，最终的预测是这些神经网络每个输出的算术平均值。这种结合方案被称为陪审团决定法（jurydecision）或者称为所有胜利者（winner-take-all）法。PHD被认为是二级结构预测的标准。总的来说，二级结构预测仍是未能完全解决的问题，一般对于α螺旋预测精度较好，对β折叠差些，而对除α螺旋和β折叠等之外的无规则二级结构则效果很差。 * 精品PPT | 借鉴参考 PHD的使用请见人工神经网络方法中的“基于人工神经网络模型的预测软件PHDsec使用简介”. nnPredict：/~nomi/nnpredict.html nnpredict算法使用了一个双层、前馈神经网络去给每个氨基酸分配预测的类型。在预测时，服务器使用FASTA格式的文件，其中有单字符或三字符的序列以及蛋白质的折叠类（α、β或α/β）。残基被分为几类，如α螺旋（H）、β链（E）或其它（－）。若对给定残基未给出预测，则会标上问号（？），这说明无法作出可信的分配。若没有关于折叠类的信息，预测也能在不定折叠类的情况下进行，而且这是缺省的工作方式。据报道，对于最佳实例的预测，nnpredict的准确率超过了65%。 PredictProtein：/predictprotein/ 国内镜像：/predictprotein/ * 精品PPT | 借鉴参考 PredictProtein在预测中应用了略为不同的方法。首先，蛋白质序列被作为查询序列在SWISS-PROT库中搜索相似的序列。当相似的序列被找到后，一个名为MaxHom的算法被用来进