2015源资培训班-VASP上机练习讲解 (MedeA-VASP相关模块MT-Phonon-Electronics-TSS).pdf

MedeA–VASP相关模块 MedeA® 创建模型 创建晶体 MedeA 用户图形界面 创建分子 创建表面 创建聚合物分子 基本建模功能 创建纳米结构 Interface Amorphous Materials Docking Builder Builder 对接模型 界面模型 无定型晶体材料模型 专用建模模块 MedeA® 计算及性质预测模块 Transition State Search 过渡态搜索 VASP 量子力学 Mechanical Thermal 力学、热力学性质 Phonon 声子谱、光谱预测 计算模块 Electronics 费米面、电子输运性质 Thermal Conductivity 热导 LAMMPS 分子动力学 Diffusion 扩散 性质预测模块 Viscosity 粘度 GIBBS Cohesive Energy Density 内聚能密度 蒙特卡洛 Mechanical Thermal 力学、热力学性质 MOPAC 半经验量化 Surface Tension 表面张力 MedeA® Transition State Search (TSS) MedeA-TSS • 目标：搜索化学反应或迁移扩散过程中的最低能量路径 (Minimum Energy Path, MEP) 。 • 计算方法： – 搜索过渡态：NEB、dimer – 细化过渡态：CI-NEB、Refinement、DNEB • 功能： – 根据初态和末态结构采用结构内插法创建中间的一系列结构（image ） 。 – 自由选择包含以上计算方法的计算流程。 – 由计算数据结果获得反应能量曲线（energy profile ）、反应过程中的过 渡态结构（transition state ）、反应能垒（barrier，active energy ）、反 应路径动态轨迹。 • 计算特点：MedeA-TSS 既能够单核运算，也支持并行计算，没 有运算核数的限制 Load TSS module • Tools → Transition State Search → Run TSS——three different tasks Transition State Search  Run 三种不同的计算任务：