芯片和高通量测序数据分析简介.pptxVIP

芯片和高通量测序数据分析简介;如何入门;一些基本概念;两个需要注意的地方;高通量测序数据分析流程;序列数据格式;序列数据格式;序列数据格式;SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。 head 行，以@开头，可以来存一些体现了比对的一些总体信息。 此后每一行为一个条序列。 第一列： read name，read的名字通常包括测序平台等信息 第二列：为flag的总和（整数）。 第三列：比对到参考序列上的染色体号。若是无法比对，则是* 第四列：比对到参考序列第一个碱基所在的位置。若是无法比对，则是0 第五列：比对的质量分数，越高说明该read比对的位置越唯一。 第六列：CIGAR值，碱基匹配上的碱基数。match/mismatch,insertion,deletion 对应字母 M、I、D 第七到第九列：双端测序的一些mate信息，没有的话以* 和0表示。 第十列：read的碱基序列，如果是比对到负链上则对read进行了反向互补。 第十一列：ASCII，read质量的ASCII编码。 第十二列之后：Optional fields，以tab建分割。 ;BAM格式：是SAM格式的二进制，所占的空间更小,更方便存储。BAM格式的文件可以直接在基因组浏览器上显示出来。 用samtools 软件可以对SAM, BAM 格式的文件进行处理，也可以实现SAM和BAM的相互转化。;常用数据格式BED;其他一些常用数据格式;Bowtie软件使用演示;GEO Dataset;GEO Dataset的使用;输入查询内容： miR-21 breast cancer;;实验的详细信息;;GEO Dataset的使用;;;;;网页中直接输出分析结果，可以查看探针号(ID), 变化倍数（logFC）p值，gene symbol，以及基因的说明，得到的结果可以粘贴到excel进一步分析;如何下载文献中的数据;文章提供的GSE号， 在GEO中输入这个序列号既可以查到数据;;SRA的原始测序数据下载;芯片数据分析的常用软件;Thank You ！