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实验4 多重序列比对及系统发生树的构建
基本信息：
姓名：程瑶 学号：201378020205
班级：医学1301 实验日期：2016-05-03
实验目的和要求：
掌握使用Clustalx进行序列多重比对的操作方法；
熟悉构建分子系统发生树的基本过程，掌握使用MEGA软件构建系统发生树的操作方法；
进一步熟练BLAST的使用
实验仪器、设备与材料：
计算机（联网）
实验原理：
在现代分子进化研究中，根据现有生物基因或物种多样性来重建生物的进化史是一个非常重要的问题。一个可靠的系统发生的推断，将揭示出有关生物进化过程的顺序，有助于我们了解生物进化的历史和进化机制。
对于一个完整的进化树分析需要以下几个步骤：
= 1 \* GB2 ⑴ 要对所分析的多条目标序列进行比对；
= 2 \* GB2 ⑵ 要构建一个进化树（phyligenetic tree）；
= 3 \* GB2 ⑶ 对进化树进行评估。
在实际应用中，多序列比对常用的软件包括ClustalW/X, MUSCLE, MAFFT等，三者的准确性相当，但计算时间依次减少；进化树构建常用的软件包括PHYLIP(软件包，包括多种建树方法），MEGA，MrBayes，Phyml等等。从用户友好性和功能上来说，MEGA是目前用得最多的进化树构建和分析软件。本课程将学习如何使用ClustalX和MEGA分别做多序列比对和进化树构建。
实验步骤：
1）使用CLUSTALX软件对已知八条DNA序列（如下）进行多重序列比对；
M._mulatta AGCTTTCT GGCGCAACCA TCCTATGAT TGCTCACGGA CTCACCTCTT
M._fascicu AAGCTTCTCC GGCGCAACCA CCTATAAT CGCCCGGG CTCACCTCTT
M._sylvanu AAGCTTCTCC GGTGCAACTA TCCTAGT TGCCATGGA CTCACCTCTT
Homo_sapie AATTCACC GGCGCAGTCA TTCATAAT CGCCCACGGG CTTACATCCT
Gorilla AATTCACC GGCGCAGTTG TTCTTATAAT TGCCCACGGA CTTACATCAT
Pongo AATCACC GGCGCAACCA CCCTCATGAT TGCCATGGA CTCACATCCT
Saimiri_sc AAGCTTCC GGCGCAATGA TCCTAATAAT CGCTCACGGG TTTACTTCGT
Lemur_catt AAGCTTTA GGAGCAACCA TTCTAATAAT CGCACATGGC CTTACATCAT
使用MEGA软件构建上述DNA分子系统发生树。
从BLAST上获取跟人类基因P53同源的其他物种的5个基因，使用MEGA得到它们的分子系统发生树。
实验方法：
用CLUSTALX软件对已知DNA序列做多序列比对；
用MEGA软件推导进化树；
用BLAST与MEGA软件推导人基因P53与其他物种中该基因的进化树。
作业与思考题：
采用以上例子给出的DNA序列进行系统发育树的构建结果。
（包括序列比对结果及最终生成的树）
A：
先把DNA序列做成fasta格式的文件待用：
用clustal打开DNA序列，并进行多重对比：
Before alignment
After alignment
使用MEGA软件构建上述DNA分子系统发生树:
Original tree
Bootstrap consensus tree
以上面提供的DNA序列为例，比较Neighbor-joining方法与Maximum-likelihood方法构建进化树的异同，包括涉及的参数，速度与结果等方面；
A:
①算法思路：
Neighbor-joining：最邻近法，是一种利用距离作分子系统分析的方法。先将序列构建一颗星状树，算出总数枝的长度；再将两序列作为聚合群与其他序列分离开来，再算总枝长，合并两个序列使算出的总枝长在各种合并方式中是最短的；将合并的序列作为一个序列再重复上述过程；全部序列合并完后，画出进化树。
Maximum-likelihood：最大似然法，是在所有可能的树及所有可能字符替换数方式中，选择可能性最大的一种作为结果。
②参数：
Neighbor-joining ; Maximum-likelihood
参数大多还是相同的，主要的不同是phylogeny test和substitution model.然后就是NJ比ML多了tree inference options 和 system re
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