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二代测序信息分析
北京创新乐土基因科技有限公司
刘蓓
Outline
• 数据质量控制
• 常用NGS产品类型及信息分析流程
• Metagenomics (宏基因组)
• 常用分析软件及文件格式
• 富集分析
1.数据质量控制
• 下机数据是不同的荧光信号记录的bcl文件,分数据
得原始序列信息fastq文件。
• 测序质量的评估控制是数据分析的基础。
• 最基本的指标Q20,Q30 。
• Q20:碱基正确的可能性在99% 以上的碱基比例。
• Q30 :碱基正确的可能性在99.9% 以上的碱基比例。
原始数据的质控过滤
Sequence level
• Short sequences
• Adaptor/primer
• polyA | T region
• Overall low-complexity sequence (Dust)
• Contamination/unwanted sequences
• Ns (low quality ends)
Quality level
• Low quality base or region
目标:所有保留的都是高质量的,真正参与生物信息分析的数据。
序列质量
Quality计算:
Q是用phred quality score的计算方式计算得到:
p是对应的碱基call错的概率
计算得到的Q值是一个整数, 将这个Q值加上33或者64后再转换成ASCII字符
附:Solexa 1.3 以前的quality计算公式是:
数据质量统计
数据质量要求:
Q2090%
Q3085%
数据质量控制
数据质控制
数据质控制
数据质控制
2.常用NGS产品类型及信息分析流程
• 基因组重测序标准分析
• 微生物16S等产品分析流程
• RNA分析流程
• 肿瘤精准医疗
2.常用NGS产品类型及信息分析流程
基因组重测序标准分析
2.常用NGS产品类型及信息分析流程
微生物16S等产品分析
流程
RNA分析流程
肿瘤精准医疗
3.Metagenomics (宏基因组)
• Defining Metagenomics - 宏基因组定义
• Microbiome: Attributed to Joshua Lederberg by Hooper and
Gordon (2001): “the collective genome of our indigenous
microbes (microflora), the idea being that a comprehensive genetic
view of Homo sapiens as a life-form should include the genes in our
microbiome”
• Marker genes(eg. 16S)
• Metagenomes
• Metatranscriptomes
• Metagenomes Analysis Resources
Marker genes(eg. 16S)
Amplify Filter
Extract with errors, Diversity
DNA targeted build analysis
primers clusters
Metagenomes
Extract Sequence
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