Lammps与分子动力学及常用软件介绍常用-模拟软件Lammps功能与原理.ppt

Lammps与分子动力学及常用软件介绍;1. 常用的MD模拟软件;GROMACS 免费 主要针对生物体系，也适当照顾一般化学体系。算法好，计算效率高。界面友好，维护服务好。 TINKER 免费 一般性分子动力学软件，对生物体系略有偏重。优点支持多种模型。仍在开发中，某些方面还不完善。 DL-POLY 一般性分子模拟软件，界面友好，计算效率高。维护服务很好。 Materials Studio;LAMMPS 免费 一般性分子模拟软件。兼容当前大多数的势能模型，编程水平高，计算效率高。可以模拟软材料和固体物理系统。 Materials Explorer 立足于Windows平台的多功能分子动力学软件。拥有强大的分子动力学计算及Monte Carlo软件包，是结合应用领域来研究材料工程的有力工具。Materials Explorer可以用来研究有机物、高聚物、生物大分子、金属、陶瓷材料、半导体等晶体、非晶体、溶液，流体，液体和气体相变、膨胀、压缩系数、抗张强度、缺陷等。Materials Explorer软件中包含2Body，3Body，EAM，AMBER等63个力场可供用户选择。Materials Explorer软件拥有完美的图形界面，方便使用者操作。;2. Lammps功能和原理;Lammps初识;Lammps的功能;Lammps的基本原理;Lammps输入文件的主要组成部分;Lammps软件目前的特点;Lammps软件入门;如何利用好Lammps手册？;Lammps常见命令;Lammps软件的应用;3.经典范例;A. 使用L-J势模拟裂纹的扩展;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;B.使用EAM势模拟Ni的剪切行为;# 3d metal shear simulation 3维金属剪切模拟 Units metal #采用金属材料单位 boundary s s p #施加z方向的周期边界条件 atom_style atomic #定义原子之间的相互作用（没有键键作用） Lattice fcc 3.52 #指定晶格为fcc，晶格常数3.52埃 Region box block 0 16.0 0 10.0 0 2.828427 #定义区域box （x上下限，y上下限，z上下限） create_box 3 box #在box区域内创建包含3种原子类型的simulation box ;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Velocity mobile create 300.0 5812775 temp new3d #初始化mobile区域原子的速度 #使new3d方法计算的温度为300k？？ Fix 1 all nve #使系综为nve系综，同时确定了方程的积分方法 Fix 2 boundary setforce 0.0 0.0 0.0 #使边界上原子x，y，z方向的受力均为0 Fix 3 mobile temp/rescale 10 300.0 300.0 10.0 1.0 #使用直接调温法，每10步准备调一次 #如果在300+-10k内不调 #如调的话要求其范围在300+-1k之内 fix_modify 3 temp new3d #fix 3 调温时采用new3d的计算方案;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;Lammps计算输入文件;C. 熔化、凝固过程模拟：Ar Cu Al; 输入文件;模拟输出结果;Cu在特定温度下的性质;输入文本文件——均方根位移;输入文本文件——均方根位移;输出结果分析;输出结果分析;D. 应用Lammps程序计算材料的表面能;Cu(100) 晶面的表面能计算;过程建模：实现真空层;过程建模：移动盒子，移动原子，产生新的表面，计算产生新表面后的E（final）;小结;Materials Studio（MS）软件简介;Materials Studio  ——新一代材料模拟软件;特点： 优点：研究分子模型或材料结构，有丰富的模型资源，建模和制图能力。与其它标准PC软件整合，使得容易共享这些数据。 运行平台：Windows NT/2000/XP，Linux和UNIX服务器 分析领域：多范围的软件结合成一个集量子力学、分子力学、介观模型、分析工具模拟和统计相关为一体的建模环境。 应用领域：材料、化工、物理等 作用：为化学家、材料科学家和工程师带来有力 模拟方法。 设计更好的材料。;模块简介：;重点介绍四个模块： 1