系统进化树绘制.docVIP

MEGA：系统进化树绘制 1.从测序公司获取可以用TXT格式打开的菌株16SrDNA序列文本信息； 2.打开NCBI网站（/），依次点击BlAST—Microbes，进入最下图所示界面。 3.将序列信息粘贴到黄色文本框内，点击BLAST按钮，进入比对结果页面，根据所需选择20条（参考）相似序列信息，点击Download，下载FASTA（aligned sequences）格式序列信息到电脑； 4.将测序所得序列信息与Blast所得序列信息合并到同一个Text文件中； 5.打开MEGA软件（以MEGA 6.06为例），点击Align—Edit/Build Alignment，选择Creat a new alignment并点击OK，点击DNA，进入最下图界面，最大化子界面； 6.点击下图红线圈出的图标或通过Edit—Insert Sequence From File Ctrl+I，进入第二个图所示界面，将文件格式由ABI改为Text，选择所选序列信息文件，点击打开； 7.按住Shift，鼠标点击首条和最后一条多余的序列信息，即可选择某一需要删除的序列信息区域，点击Delete删除多余序列信息，并编辑各序列名称，点击保存编辑好的序列信息； 8.点击Data—Phylogenetic Analysis（系统进化分析），点击“Yes”完成系统进化分析； 9.回到MEGA主页面，依次点击Analysis—Phylogeny—Construct/Test Neighbor-Joining Tree...，在跳出的界面中点击“Yes”，接着将跳出页面中的Test of Phylogeny项的None改为Bootstrap method，点击Compute，系统完成运算，生成系统进化树； 10.依次点击Image—Save as PDF file,保存成PDF格式系统发育树图谱。