双变量全基因组关联分析金黄色葡萄球菌在竞争环境下的生长可塑性.pdfVIP

摘要 摘要 微生物的生存压力主要来源于环境或竞争者的相互作用，微生物的表型可塑性使 微生物表达不同的表型以应对生存压力。相比于环境，竞争者的相互作用对微生物表 型可塑性发展的研究目前鲜有报道。本研究结合了进化培养、实时荧光定量PCR技术、 二代测序技术、双变量全基因组关联分析法(GWAS)等多种方法，对金黄色葡萄球菌 的单独生长和与大肠杆菌的竞争性生长中的可塑性进行研究，在这方面做初步探索。 本研究中将不同基因型的金黄色葡萄球菌在单独培养环境下和与同一大肠杆菌 竞争培养的环境下进行进化培养，以创造竞争条件。通过荧光定量PCR法每隔24小时 对细菌的生长丰度进行定量，并绘制在两组条件下细菌的生长曲线。同时以两种培养 环境下金黄色葡萄球菌在不同取样时间的生长丰度数据为基础，结合了全基因组重测 序测定出的SNPs，通过双变量GWAS筛选得到与金黄色葡萄球菌生长表型显著相关的 SNPs 。在这些显著SNPs所位于的基因中，gdpP 、flr 、yycI 、comA 、gmp 、CiscR等基 因及基因表达的蛋白质在功能上与金黄色葡萄球菌的生长表型直接相关，其表达量的 改变体现了表型可塑性的作用。同时，一些与细菌生长相关但被认为表达假定蛋白的 显著SNPs，同样被认为可能影响金黄色葡萄球菌的竞争性生长。此外，本研究比较 了显著SNPs两种生长环境下对应的生长丰度，发现显著SNPs基因型的改变对金黄色 葡萄球菌在竞争环境中的生长无显著影响，突显了表型可塑性在其生长过程中的意 义。 本研究证明了金黄色葡萄球菌在竞争性生长中能表现出表型可塑性，并且金黄色 葡萄球菌的表型可塑性可帮助其维持其在竞争作用下的稳定。这项研究推进了全基因 组细菌生长可塑性的研究进展，并证明了双变量GWAS在细菌表型可塑性研究中的潜 力。 关键词：金黄色葡萄球菌，双变量GWAS ，竞争培养，表型可塑性，单核苷酸多态 性 I 目录 目录 摘要Ⅰ ABSTRACTIII 目录 V 1 前言 1 1.1 表型可塑性 1 1.1.1 表型可塑性的概念 1 1.1.2 表型可塑性的研究进展2 1.1.3 表型可塑性的生态学意义4 1.2 细菌的竞争作用和生长可塑性4 1.3 竞争培养中的菌株选择 5 1.3.1 金黄色葡萄球菌 5 1.3.2 大肠杆菌 5 1.4 实时荧光定量PCR 5 1.5 细菌全基因组重测序 6 1.6 全基因组关联分析7 1.6.1 全基因组关联分析的概念和方法7 1.6.2 微生物全基因组关联分析 8 1.7 本文的研究目的、内容和技术路线 10 1.7.1 研究目的 10 1.7.2 研究内容 10 1.7.3 研究的技术路线 11 2 模拟竞争环境探究金黄色葡萄球菌的生长可塑性 12 2. 1 材料和方法 12 2. 1.1 主要仪器与试剂 12 2. 1.2 菌种来源与菌种活化 12 2. 1.3 混合培养营造可塑性环境 14 2. 1.4 细菌全基因组的提取 15 2. 1.5 实时荧光定量PCR 获取生长量数据 15 2.2 结果与分析 18 2.2.1 两组金黄色葡萄球菌的生长曲线对比 18 2.3 本章小结22 3 双变量GWAS 分析金黄色葡萄球菌生长可塑性的遗传机制23 3.1 材料和方法23 3.1.1 主要仪器试剂23 3.1.2 金黄色葡萄球菌全基因组重测序24 3.1.3 双变量GWAS 分析25 3.1.4 统计学分析25 V 目录 3.2 结果