华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL分析.pdfVIP

摘要 摘要 华北落叶松（Larix principis-rupprechtii Mayr ）是我国华北地区重要的造林树种， 兼具经济和生态价值。华北落叶松的育种目标是培育出生长快、材性好、抗性强的新 品种。但由于其生长周期较长、遗传背景复杂、多数经济性状为数量性状，依靠传统 育种方法进行新品种选育，通常效率很低。利用DNA 分子标记进行遗传连锁图谱构 建和QTL 定位，并在此基础上开展分子标记辅助选择，可以缩短育种周期，提高育 种效率。然而，由于华北落叶松缺乏基因组数据和高质量分子标记，到目前为止，尚 未有关于该树种的遗传图谱构建和QTL 定位的报道。本研究利用华北落叶松转录组 测序数据开发多态性 EST-SSR 标记，并通过开展群体遗传多样性分析来验证这些标 记的实用性；利用部分新开发标记对华北落叶松F1 作图群体进行杂种鉴定后，采用 SLAF-seq 技术进行大规模SNP 标记开发并构建首张华北落叶松高密度遗传图谱；利 用连续两年的表型测定数据，对8 个生长和针叶性状进行QTL 分析。以上研究对增 加华北落叶松高质量分子标记数量，解析重要数量性状遗传结构，促进分子水平上的 遗传改良具有重要的理论和实践意义。主要研究结果如下： （1）基于转录组测序开发了一批落叶松属内通用的多态性EST-SSR标记。利用 1300条Unigene序列成功设计SSR引物1065对，从中随机抽取的240对引物经筛选后获 得多态性引物52对，再选取扩增最理想的20对多态性引物对66个华北落叶松无性系进 行基因分型，共检测到77个等位位点，每个标记位点的等位基因数为2~7 。此外，所 有的20对引物在落叶松属其他3个物种中均能扩增出清晰而稳定的条带，有效扩增率 高达100%。 （2 ）利用新开发的EST-SSR标记分析了华北落叶松种子园66个无性系的遗传多 样性。20个位点的平均等位基因数为3.85 ，平均多态信息含量为0.424 ，显示了该种子 园具有中等水平的遗传多样性。66个无性系之间的遗传距离为0.012~0.585 ，平均值为 0.317 ，相对较宽的遗传距离变化范围表明了66个无性系具有多样化的遗传背景。聚 类分析和主坐标分析可以将66个无性系划分为3个类群，但由于这些无性系的信息资 料不完整和记录混乱，无法确定分群结果是否与无性系的地理来源相关。 （3 ）通过华北落叶松2个优良无性系的杂交试验构建了由145个子代单株组成的 F1作图群体，杂种真实性鉴定后利用SLAF-seq技术在全基因组范围内大规模挖掘了 I 华北落叶松高密度遗传连锁图谱构建及重要性状QTL 分析 SNP标记。SLAF-seq共产生1501.22 M双末端reads ，大约300.20 Gb 的原始数据。序列 比对和聚类后，共获得6,323,943个SLAF位点。以每个SLAF位点上拷贝数最高的序列 为参考序列进行SNP标记挖掘，在检测到324,352个SNP标记中，有122,785个呈现多 态性，多态性比率为37.86% 。最终获得6931个在亲本中平均测序深度大于10-fold、在 F1群体中完整度高于75%、且符合孟德尔分离比率的有效SNP标记。 （4 ）构建了首张华北落叶松高密度遗传连锁图谱。该图谱上的6099个SNP标记 分属于12个连锁群，连锁群数目与落叶松及松科的其他大多数树种的单倍体染色体数 目相同。图谱总长度为2415.58 cM ，覆盖了华北落叶松基因组总长度的99.6%，标记 间平均遗传距离为0.40 cM 。最终上图的SNP标记在亲本和子代中的平均测序深度分 别为65.84-和17.73-fold，在F1群体中的平均完整度高于99% 。 （5 ）根据遗传图谱信息，利用复合区间作图法对连续两年测定的8个生长和针叶 性状进行了QTL定位。当LOD 阈值为2.5时，共检测到36个QTLs，其中控制针叶面积 的QTL有7个，控制苗高、地径和针叶宽的QTL各有5个，控制针叶长和针叶厚的QTL 各有4个，控制针叶长宽比和气孔线数的QTL各有3个。这些QTLs分布在除LG7和LG 10 之外的10个连锁群上，每个QTL可以解释表型变异的4.2%~18.2% 。两个测试年份共 检测到6个QTL聚集区域，其中位于LG8连锁群上136.365~