利用关联作图解析紫斑牡丹产量相关性状的等位遗传变异.pdfVIP

摘要 摘要 牡丹原产于中国，具有药用、观赏和油用价值。紫斑牡丹 （Paeoniarockii）是特 有的牡丹野生种之一，广泛分布于中国中部的秦岭及周边地区，其栽培种质主要分布 在以甘肃省为中心的西北地区。由于紫斑牡丹结实性强、营养价值高等特性，近年来 已经发展成为珍贵的新兴木本油料作物，并在我国北方地区得到了广泛的推广栽培。 目前，如何有效提高种子产量已经成为紫斑牡丹高效育种的重要方向，然而与其产量 相关的基础研究较为匮乏，并且在紫斑牡丹中与产量相关的功能位点也很少被鉴别。 因此，本研究在基于下一代转录组测序 （Next-Generation Sequencing，NGS）和单分 子长读长转录组测序 （Single-MoleculeLong-Read Sequencing，SMLRS）数据库的转 录因子内SSR 位点的开发和应用的基础上，为探索24 个产量相关的候选数量性状的 遗传构架，在420个紫斑牡丹的栽培种质中开展了产量性状相关的关联作图研究，旨 在鉴选调控产量性状的重要等位变异位点，为油用牡丹的高产育种提供分子基础。主 要研究结果如下： （1）构建了由420个紫斑牡丹单株构成的关联作图群体，并对24 个候选的数量 性状进行了调查和分析，结果表明，24 个性状在不同样本间表型差异均极显著 （P 0.01）。通过相关性分析获得显著相关的组合202 对，极显著相关组合182 对。主成 分分析将24 个性状划分为能够较好地解释群体数量性状变异的6个主成分。通过系 统聚类分析，将参试群体样本划分为8类，24 个性状划分为5 类，最终确定了影响 紫斑牡丹单株产量的4 个主要指标、15个次要指标和5个辅助参考指标。 （2）首次在紫斑牡丹中基于NGS 和SMLRS 转录组测序数据进行了EST-SSR （Expressed SequenceTag-Simple Sequence Repeat）位点的开发和应用研究。基于已 有报道筛选了959个和产量相关的候选转录因子，鉴定了166个包含六种核酸重复类 型的EST-SSR 位点，平均每5.78个Unigenes含有一个SSR 位点，最终102 （61.45%） 对引物对在两个转录组测序 （RNA-seq）品种 （‘粉面桃腮’，P.rockii ‘Fen MianTao Sai’ 和 ‘京顺粉’，P.rockii ‘Jing ShunFen’）中成功进行扩增，其中来自诸如AP2、 BHLH 和 HSF 基因家族的58个引物对(56.86%)，在连锁群体杂交亲本 （‘红乔’， P.suffruticosa ‘Hong Qiao’ 和 ‘凤丹白’M24，P.ostii ‘FengDan Bai’）和8个随机抽 选的紫斑牡丹样本中表现出了多态性。58个位点在37个牡丹样本中的PIC值范围为 I 利用关联作图解析紫斑牡丹产量相关性状的等位遗传变异 0.32to0.91 （平均0.70），证明了高水平的多样性。此外，58个位点在芍药属7个野 生种中的转移性为89.66%~ 100%，在62 个芍药属样本中揭示的亲缘关系与已知的 谱系树相一致。 （3）利用本研究新开发的转录因子内58个多态性EST-SSR 标记对紫斑牡丹的 作图群体进行遗传多样性评价，共确定了483个等位位点 （平均等位基因数为8）， 多态信息含量（PIC）的平均值为0.514，这均表明该群体具有较高水平的遗传多样性。 此外，通过STRUCTURE 和聚类分析，揭示作图群体的遗传结构均可划分为4 个亚 群 （K 4）。 （4）通过连锁不平衡检测发现，58个EST-SSR 位点间的连锁不平衡水平较低。 利用混合线性模型 （MixtureLinear Models，MLM）进行单标记关联分析，共鉴定了 208个显著的关联组合，涉及18个数量性状和55个EST-SSR 位点，这些位点主要来 自AP2、MYB 和NAC 等基因家族，并且均解释了较小比例的表型变异。其中，鉴 定了3个花部数量性状与11个EST-SSRs相关的13个显著关联组合，单标记解释率 为4.15%~ 25.32% （平均10.55%）；8个枝叶数量性状与50个EST-SSRs相关的129 个显著关联组合，单标记解释率为3.25%~ 37.45% （平均10.6%）；7个果实数量性