北京地区豹猫种群遗传多样性及肠道菌群构成初步研究.pdfVIP

摘要 摘 要 猫科动物作为占据较高营养级的捕食者，在生态系统中发挥着重要功能，受到环 境变化的影响较大。随着栖息地适宜性降低、野生猎物减少，一些猫科动物处于濒临 灭绝的境地。豹猫（Prionailurus bengalensis ）是一种在我国广泛分布的小型猫科动物， 对其受到栖息地破碎化的影响、遗传分化及种群构成的研究较少。本研究通过非损伤 途径，借助微卫星和线粒体控制区分子标记及高通量测序技术，对北京地区豹猫种群 的遗传现状及其与赤狐（Vulpes Vulpes）的生态竞争关系进行评估。豹猫种群的遗传 多样性、遗传结构及肠道菌群多样性分析的主要研究内容和结论如下。 1. 在松山、云蒙山、云峰山、小龙门和百花山自然保护区共收集到 601 份疑似 豹猫的粪便样品。对样品进行DNA 提取后，扩增食肉动物ATP 6 区段进行物种识别， 使用锌指基因进行性别鉴定，利用筛选的6 对微卫星引物扩增的等位基因进行个体鉴 定。共识别到112 只豹猫个体，其中松山有53 只 （33 雌、20 雄），云蒙山17 只 （10 雌、7 雄），云峰山17 只 （14 雌、3 雄），小龙门13 只 （10 雌、3 雄），百花山12 只 （9 雌、3 雄）。 2. 6 个微卫星位点共检测到31 个等位基因，5 个采样点豹猫种群的平均等位基因 数为3.400、平均有效等位基因数为2.288 、平均观测杂合度为0.392、平均期望杂合 度为0.514、平均多态信息含量为0.449 。与亚洲地区其他豹猫种群相比具有适中的遗 传多样性水平。经过 STRUCTURE 分析、遗传分化系数和基因流的计算，各种群间 不存在遗传分化现象。 3. 550 bp 线粒体控制区序列分析显示，5 个采样点豹猫种群的单倍型多样性为 0.558-0.984 ，核苷酸多样性介于0.003144-0.020736 之间，遗传多样性处于适中水平， 与微卫星分析的结果一致。经过遗传距离、遗传分化系数、基因流计算和系统发育树 构建，发现松山的豹猫种群与其他区域的豹猫种群之间存在分化趋势，百花山和小龙 门的豹猫种群在遗传结构上几乎一致，可划分为百花山一个管理单元。 4. 通过扩增细菌 16S rRNA 的V3-V4 高变区进行高通量测序，对4 个区域的豹 猫种群进行肠道微生物组成和差异性分析，选取同域分布的赤狐粪便样品进行肠道微 生物分析，探讨豹猫与赤狐在食物生态位的竞争关系。结果表明，豹猫的肠道核心菌 群来自厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和梭杆菌门，各区域豹猫种群的肠 I 摘要 道微生物丰富度不存在显著差异；豹猫和赤狐有共同的核心菌群，但二者在取食上的 差异使它们形成了具有差异化的肠道菌群多样性，主要差异菌为乳杆菌和梭状芽胞杆 菌，揭示了赤狐较豹猫具有更广泛的食物生态位。 关键词：豹猫；遗传多样性；遗传结构；肠道菌群 II 目录 目录 1. 引言 1 1.1. 豹猫的研究现状 1 1.1.1. 豹猫 1 1.1.2. 豹猫的遗传学研究2 1.1.3. 豹猫的食物构成分析2 1.1.4. 豹猫的宏观生态学研究3 1.2. 保护遗传学的应用3 1.2.1. 种群遗传多样性及分化4 1.2.2. 微卫星分子标记5 1.2.3. 线粒体分子标记5 1.3. 肠道菌群6 1.3.1. 肠道菌群的研究方法7 1.3.2. 高通量测序7 1.3.3. 肠道菌群分析在动物中的应用8 1.4. 本研究的目的和内容9 1.5. 本研究的技术路线 10 2. 豹猫种群的遗