数据库查询和数据库搜索.ppt

? BLASTn ：比较查询序列与 DNA 数据库中的已知序列，寻找同 源核苷酸序列 ? BLASTx ：比较查询序列核苷酸序列（翻译成蛋白质序列）与 蛋白质数据库中的已知序列，寻找同源蛋白质序列 ? t BLASTn ：比较查询蛋白质序列与 DNA 数据库中序列（翻译 成蛋白质序列），寻找同源核苷酸序列 ? t BLAST x ：比较查询序列核苷酸序列（翻译成蛋白质序列） 与 DNA 数据库中序列（翻译成蛋白质序列），寻找同源核苷酸 序列 第五章 数据库搜索 简介 ? 数据库查询（ database query ） ? 对序列、结构以及各种二次数据库中的注释信 息进行关键词的匹配与查找 ? 数据库搜索（ database search ） ? 通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或 蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度 相似性的序列 ? 二者区别 ? 主要操作对象：注释信息 / 序列信息 ? 采用方法手段：关键词匹配 / 序列比对 ? 主要目的及结果：查找包含注释信息的所有条 目 / 查找具有一定相似性的序列信息 数据库查询系统 Entrez ? 相关背景知识 ? 由 NCBI 开发，是一个为用户提供访问序列、 定位、分类和结构数据的搜索和检索系统 ? 可提供序列和染色体图谱的图形视图 ? 集成了 NCBI 各种数据库中的信息 ? 提供丰富多样的搜索方式 ? 除了提供数据查询外，还提供生物分子数据分 析工具（ ORF Finder ） ? 涉及的数据库 ? PubMed 生物医学文献 Medline 检索 ? GenBank 核酸序列数据库 ? Proteins 蛋白质序列数据库 ? Structures PDB 三维结构数据库 ? Genomes 基因组数据库 ? OMIM 人类基因和遗传疾病的分类数据库 ? Taxonomy 系统分类数据库 ? LocusLink 基因信息数据库 ? PopSet 种群亲缘关系核酸序列对比数据库 ? Entrez 特点 ? 使用方便 ? 将序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有 机地结合在一起 ? 有机结合了数据库和应用程序 ? 链接的数据库丰富多样（文献数据库、序列数据库、结构数据库、 基因组数据库、系统分类数据库）， “ Related sequence ” 工具， 可直接找到与查询所得蛋白质序列同源的其它蛋白质。查询得到 的蛋白质三维结构，还可通过 Cn3D 软件直接显示分子图形 ? 交叉索引查询 ? 通过超文本链接，用户可从一个数据库直接转入另一个数据库， 方便在数据库之间进行数据挖掘 ? 支持模糊查询 ? 使用方法 ? 进入 NCBI 主页： www.ncbi.nlm.nih 或 /entrez ? 在 search 条中选定数据库， for 条中输入关键词，单击 “ Go ” ? 屏幕上将会出现搜索结果，单击某一条目即可知该条目 的详细信息 ? 单击“ About Entrez ” ，进入 Entrez 帮助页面 各种数据库间相互 关系框图 ? 单击 “ Entrez Tutorial ” 进入 联机学习， Entrez 将以查 询人类基因 为例，介绍 各种数据库 的查询方法， 使用户熟悉 Entrez 的使用 方法（ pdf 文 件） ? Entrez 其他功能 ? Limits ：限定字段查询，只在给定范围内查找。不同的数据库，可 限定的范围不同 ? Preview/Index ：预检索 / 索引检索，只列条目，不列明细 ? History ：查看历史纪录 ? Clipboard ：将查询结果复制至剪贴板，便于后面使用 ? Details ：查看检索结果的详细内容 数据库查询系统 SRS Sequence Retrieval System ? 相关背景知识 ? 由欧洲分子生物学实验室（ European Molecular Biology Lab, EMBL ）开发 ? 开放的数据库查询系统，即不同的 SRS 查询系统可根据用户 需要安装不同的数据库 ? 网站地址： ? http://srs.embl.de/srs/ ( EMBL 服务器 ) ? http://srs.ebi.ac.uk/ ( EBI [ 欧洲生物信息研究所 ] 服务器 ) ? http://www.lionbio.co.uk/publicsrs.html