野生二粒小麦R基因家族的鉴定、表达与进化分析.pdfVIP

摘 要 摘要 野生二粒小麦（Triticum dicoccoides L. ）广泛地分布于不同的气候和地理条 件的地区，具有良好的抗逆性和适应性以及遗传多样性，可以为改良栽培小麦的 抗病和抗逆性提供关键信息。R 基因（Resistance Gene ）是植物体内广泛存在的 抗病基因，可以诱导植物响应病原体胁迫，在野生种植资源的抗逆和抗病机制中 有着非常重要的作用。关于野生二粒小麦 R 基因的研究能够丰富栽培小麦抗性 基因数据，可以为改良栽培小麦的抗逆性提供非常重要的线索和思路。本研究根 据已公布的野生二粒小麦的基因组数据，利用生物信息学手段，对野生二粒小麦 R 基因家族的成员进行鉴定，并对该家族的候选基因进行序列特征、系统发育及 结构和染色体位置等分析。同时，探查了 R 基因中的重复事件和串联重复基因 并利用拟南芥的同源基因进行 R 基因的蛋白互作网络图构建；最后，对野生二 粒小麦R 基因中不同组织时期的表达特性与响应逆境的表达情况进行了探究。 本研究发现以下结果： 1. 利用blastp 和hmm 工具，在野生二粒小麦基因组中鉴定出108 个R 候选 基因；理化性质分析发现，这些R 基因蛋白质序列的长度在193aa 到1969aa 之 间，处于野生二粒小麦蛋白质序列的中间值，但总体差异较大，分子量在 2 1621.2Da 到222070.6Da 之间，理论等电点在5 到9.96 之间，变化幅度较大 ； 顺式作用元件分析表明野生二粒小麦 R 基因中存在多个与生长发育，组织分化 以及胁迫响应的顺式作用元件，其中包含有622 个与光响应相关的顺式作用元件, 推测R 基因的表达可能与光响应有关。 2. 利用MEGA 软件构建了野生二粒小麦R 基因的系统发育树，根据系统进 化关系，可将其分为三大类： CNL 亚家族、TNL 亚家族以及non-NL 亚家族， 同一亚家族成员具有更相似的内含子-外显子以及保守结构域组成。 3. 通过对R 基因的蛋白互作网络预测分析，发现与R 基因互作的基因中， 有9 个与生长发育相关，有11 个与胁迫响应和免疫应答相关，初步明确了R 基 因的潜在功能。 4. 进一步，利用转录组数据对野生二粒小麦中的R 基因进行时空特异性表 达分析，发现多个R 基因具有组织表达特异性；其中TRIDC3BG085010 等基因 在花中有较高的表达量，TRIDC1BG002730 等基因则在叶片和根部中大量表达。 这说明R 基因大量参与了植物的生长发育过程。其中CNL 亚家族基因多参与花 部的表达和叶片和根部的表达，而TNL 亚家族基因不参与花的基因表达，在叶 片和根部中表达量有明显增高。通过对赤霉菌胁迫下的转录组数据进行分析发现， I 西北农林科技大学硕士学位论文 在赤霉菌侵染后的48 小时，TRIDC6AG002920 等基因有差异表达。对候选的4 个基因进行表达特性验证发现，R 基因的表达会受到白粉菌的诱导。 5. 结合重测序数据，对这些R 基因在 117 份四倍体小麦材料中的遗传变异 进行了分析，发现R 基因上存在 13000 个错义突变位点、26 个提前终止突变位 点、25 个终止密码子缺失突变位点、以及 1 个起始密码子缺失突变位点。根据 系统发育分析和主成性分析，四倍体小麦中 R 基因位点遗传分化与四倍体小麦 群体分化过程相一致，表明R 基因的遗传分化是在这些物种分化后形成的。 关键词：野生二粒小麦；R 基因; 抗逆；NBS-LRR 基因；生物信息学 II 目 录 目录 摘要 I ABSTRACT III 第一章 文献综述 1 1.1 野生二粒小麦基因组及基因家族研究进展 1 1.1.1 野生二粒小麦概述 1 1.1.2 野生二粒小麦基因组研究进展 2 1.1.3 野生二粒小麦基因组的完成极大促进了基因家族的研究 3 1.2 植物R 基因研究进展 4