PDB数据库中查找蛋白质结构数据.pdfVIP

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一、PDB 数据库中查找蛋白质结构数据 1. /pdb/home/home.do 2. 查找蛋白质结构,在检索框输入关键字或名称。 输入内容:比如2DC3 二. 在线观看三维数据结构 4. 选择 3D view ,可视化蛋白三维结构视图呈现。由于是远程计算机服务器进行图型构建, 且数据量较大,需要较长的时间才能在窗口显示。 5.蛋白结构显示的参数设定: 1 自定义设定 脚本选项: 二、下载三维数据文件 1. 在查询结果窗口的右边找到以下图型。 如图:选择Download Files 。 2 .确定下载的文件类型,一般根据你要使用蛋白质结构数据而定。 选择PDB File(Text). 3. 用写字板打开PDB 文件,可以看到蛋白质数据库文件实质也是文本文件。 2 4. 下载Pymol ,并安装。点DOWNLOAD 进入下载,选择windows 版本,并安装 (需要pay money )。 或到此网站下载:/~gohlke/pythonlibs/#pymol 选择win32 , 版本。并安装,需要python 编程软件的支持,可从360 软件管件直接安 装。安装如图: 使用详情参见教程,注意打开程序需要找到 python 的安装目录:C:\Python27\PyMOL ,找 到PyMOL.exe 文件,双击启动程序。 3 打开2DC3.pdb 或使用RasMol 软件进行三维视图分析,步骤同上。 4 5

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