PETSc 用户指南整理.pdf

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2021-02-02 发布于广东
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超级计算环境基础并行软件平台建设与应用超级计算环境基础并行软件平台建设与应用并行软件开发小组系列测试报告之一并行软件开发小组系列测试报告之一 PETSc 用户指南中科院计算机网络信息中心超级计算中心中科院计算机网络信息中心超级计算中心 http::///sce Email: walls@ 程强迟学斌冯仰德王建赵永华 NCIC-SC-001, SCCAS NCIC-SC-001, SCCAS 2004 年8 月，北京 2004 年8 月，北京 0 目录前言 1 PETSc 简介 1.1 概况 ……….……………………………………..……………………….1 1.2 体系结构 ………………………………………………………………… 1 1.3 基本特色 ………………………………………………………………….4 1.4 安装PETSc ……………………………………………………………….5 2 PETSc 的基本对象 2.1 向量 ……………………………………………….……………….………7 2.1.1 创建和聚集 ………………………. ……………………….…….………7 2.1.2 基本运算操作 ………………………. ……………………….…….……8 2.1.3 索引和排序 …………………………. …………………….…….………8 2.1.4 规则网格与DA …………….……………………………….…….………9 2.1.5 无结构网格与IS …………………………………………………….……10 2.2 矩阵 ……………………………………………….………………. . . .…11 2.1.1 创建和聚集 ………………………. ……………………….……………11 2.1.2 基本运算操作 ………………………. …………………….…….……...11 2.1.3 无矩阵运算 ………………………….…………………….…….………12 2.1.4 矩阵的划分…………………………………. ……………………….……12 3 PETSc 的基本功能 3.1 线性方程求解 ……………………………………………………………13 3.1.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….………13 3.1.2 Krylov 子空间方法 ……………….………………………….…….……13 3.1.3 预条件子 …………………………….……………………….…….……14 3.1.4 奇异方程求解 ………………………….………………….…….………16 3.2 非线性方程求解 ………………………………………………………… 16 3.2.1 基本用法 ………………………. ………………………….…….………17 3.2.2 非线性解法器 ………………………. ……………………….…….……17 3.2.3 无矩阵方法 …………………………. …………………….…….………17 1 3.2.4 有限差分雅可比逼近 ……… ……….………………….… ….……… 18 3.3 时间步进积分…………………………………………………………… 18 3.3.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….………19 3.3.2 求解时间依赖问题 …………………. ………………………. …….…19 3.3.3 求解时间稳态问题 …………………. ………………………. …….…19 3.3.4 其它求解器 ………………… ………. …………………….……. …… 19 3.4 PETSc 的其他功能………………………………………………………20 3.4.1 性能分析 …………