PETSc 用户指南整理.pdf

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超级计算环境基础并行软件平台建设与应用 超级计算环境基础并行软件平台建设与应用 并行软件开发小组系列测试报告之一 并行软件开发小组系列测试报告之一 PETSc 用户指南 中科院计算机网络信息中心超级计算中心 中科院计算机网络信息中心超级计算中心 http::///sce Email: walls@ 程强 迟学斌 冯仰德 王建 赵永华 NCIC-SC-001, SCCAS NCIC-SC-001, SCCAS 2004 年8 月,北京 2004 年8 月,北京 0 目录 前言 1 PETSc 简介 1.1 概况 ……….……………………………………..……………………….1 1.2 体系结构 ………………………………………………………………… 1 1.3 基本特色 ………………………………………………………………….4 1.4 安装PETSc ……………………………………………………………….5 2 PETSc 的基本对象 2.1 向量 ……………………………………………….……………….………7 2.1.1 创建和聚集 ………………………. ……………………….…….………7 2.1.2 基本运算操作 ………………………. ……………………….…….……8 2.1.3 索引和排序 …………………………. …………………….…….………8 2.1.4 规则网格与DA …………….……………………………….…….………9 2.1.5 无结构网格与IS …………………………………………………….……10 2.2 矩阵 ……………………………………………….………………. . . .…11 2.1.1 创建和聚集 ………………………. ……………………….……………11 2.1.2 基本运算操作 ………………………. …………………….…….……...11 2.1.3 无矩阵运算 ………………………….…………………….…….………12 2.1.4 矩阵的划分…………………………………. ……………………….……12 3 PETSc 的基本功能 3.1 线性方程求解 ……………………………………………………………13 3.1.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….………13 3.1.2 Krylov 子空间方法 ……………….………………………….…….……13 3.1.3 预条件子 …………………………….……………………….…….……14 3.1.4 奇异方程求解 ………………………….………………….…….………16 3.2 非线性方程求解 ………………………………………………………… 16 3.2.1 基本用法 ………………………. ………………………….…….………17 3.2.2 非线性解法器 ………………………. ……………………….…….……17 3.2.3 无矩阵方法 …………………………. …………………….…….………17 1 3.2.4 有限差分雅可比逼近 ……… ……….………………….… ….……… 18 3.3 时间步进积分…………………………………………………………… 18 3.3.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….………19 3.3.2 求解时间依赖问题 …………………. ………………………. …….…19 3.3.3 求解时间稳态问题 …………………. ………………………. …….…19 3.3.4 其它求解器 ………………… ………. …………………….……. …… 19 3.4 PETSc 的其他功能………………………………………………………20 3.4.1 性能分析 …………

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