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高性能计算平台方案建议书 目录 高性能计算机简介 1 什么是高性能计算机 1 为什么需要高性能计算机 1 高性能计算机性能衡量标准 2 高性能计算机可以做什么 3 高性能计算与石油勘探 4 高性能计算与现代农业 6 高性能计算与生命科学 8 高性能计算与计算机辅助工程（CAE） 10 建立高性能计算中心的必要性 12 高性能计算中心建设意义 13 高性能计算中心可提升的科研实力 14 高性能计算中心可提高经济竞争力 18 高性能计算中心可提升国防实力 19 高性能计算中心可提高在国际上的地位 21 建设高性能计算中心的意义 24 树立高端 IT 产业案例，打破国外 IT 产品垄断 24 加强科技交流，扩大合作的领域和范围。 25 4 介绍 27 4.1 概况 27 4.2 高性能计算平台 28 天梭 TS10000 高性能计算机系统 29 TS10000 高性能计算系统设计原则 31 TS10000 高性能计算系统方案 32 计算平台的选择 32 客户需求分析 35 方案概述 35 系统拓扑图 38 计算节点 38 管理/登陆/调度节点 39 GPU 节点 40 集群文件系统存储 40 网络系统 41 ClusterEngine 集群管理平台 43 Teye 高性能应用特征分析系统 44 机房建设方案 45 项目实施、售后服务和培训 49 项目实施 49 项目培训 49 售后服务 50 针对本项目的 VIP 专家服务方案 50 售后服务分工响应程序 53 高性能计算系统典型案例 55 案例概况 55 生命/生物科学领域典型案例 59 北京生命科学研究所 59 沙特 KACST 基因数据处理平台 62 古巴高性能计算机 66 中国科学院北京基因组研究所 70 高性能计算中心 73 清华大学高性能计算中心 73 中科院合肥高性能计算中心 77 苏丹 ACT 网格高性能计算中心 79 加纳高性能计算中心 85 石油勘探 91 East Geophysics Physics—petroleum drilling 91 高性能助力中石油拓展国际市场 95 HPC 再度牵手中石油 TS10000 助力中国石油勘探 100 PAGE PAGE 10 高性能计算机简介 什么是高性能计算机 高性能计算机，或称超级计算机，是一套计算性能强大，具有大规模存储空间和完整的 软件系统，并且价格十分昂贵的计算机，是计算机中功能最强、运算速度最快、存储容量最 大的一类计算机。其性能远超普通的个人计算机和通用服务器，具有无与伦比的计算能力。 高性能计算机通过并行计算来实现超高的计算性能，并行计算即将多个处理器通过网络连接，并以一定的方式将其有序地组织起来，同时对多个任务或多条指令、或对多个数据项进行处理，以达到快速求解一个计算问题的目的。 高性能计算机多用于国家高科技领域和尖端技术研究，是国家科技发展水平和综合国力的重要标志。目前的高性能计算机的主要架构是集群架构。集群架构是将大量的服务器通过专用网络连接起来，让所有的服务器协调工作来完成一个计算任务。在用户看来，整个集群就是一台高性能计算机，管理和操作就像管理一台计算机一样简单。不同的是这台计算机具有超强的计算能力。 为什么需要高性能计算机 高性能计算机构建的主要目的有两个： 其一是缩短计算时间。某些科研计算任务，仅凭一台或者几台服务器来进行运算，可能需要几个月、几年或者更长的时间。如果说科研人员把时间都浪费在等待运算结果上，科学研究就没有进步的可能。 而利用由大量服务器构成的集群架构的高性能计算机来进行计算，会大大缩短计算时间。就好像一个人砌一堵墙需要 10 天，10 个人砌这堵墙只需要 1 天，而240 个人砌这堵墙，只 需要 1 个小时。 缩短计算时间的典型例子就是人类基因组计划。人类基因组计划是由美国科学家于 1985 年率先提出，于 1990 年正式启动的。美、法、德、日和中国科学家共同参与了这一预算达 30 亿美元的人类基因组测序计划。该计划要揭开组成人体 4 万个基因的 30 亿个碱基对 的秘密。其中中国从 1999 年 9 月到 2000 年 4 月，用时八个月完成了其中 1％的测序工作， 即完成人体第 3 号染色体上 3000 万个碱基对的工作草图。而这 1%的工作就是在高性能计算机上完成的。 像人类基因组计划这样的超大计算需求的项目，必须在高性能计算机上完成，否则可能 100 年的时间也无法解开人类基因的秘密。 高性能计算机第二个目的就是扩大求解规模。一般的计算机，比如说我们的笔记本，一般只有 2G-4G 的内存容量。如果一个科研计算任务需要将 80G 的数据放入内存进行计算，那一般的计算机就无能为力了。 而利用由大量服务器构成