3.10在线多序列比对工具-01-EMBL Clustal Omega.pdf

《生物信息学》第三章：序列比较（第三部分） 在线多序列比对工具：EMBL - Clustal Omega 目前世界上最流行的多序列比对工具是 CLUSTAL 系列，TCOFFEE 和 MUSCLE。其中 CLUSTAL 系列使用率最高；TCOFFEE 最新，而且还有很多变形；MUSCLE 最快，而且胃 口大，能接受的序列数量是其他工具比不了的。各大生物网站，比如 EBI、Expasy 等都可以 在线使用这些工具。当然它们也有自己的网站。 我们先介绍 EMBL 的多序列比对工具 EMBL 的多序 列比对工具很多，包括前面提到的 CLUSTAL 系列、TCOFFEE、MUSCLE。我们看 EMBL 这些比对工具中 CLUSTAL 系列的最新版本 Clustal Omega。 要比较的多条序列存放在 msa.fasta 文件中。这个文件里存了 10 条序列，每条序列都用 FASTA 格式书写。这样程序会根据“”自动识别出每条序列以及它们的名字。这就是 FASTA 格式的好处。进入 Clustal Omega 参数输入界面（图 1），黏贴或者上传序列。 图 1. EMBL-Clustal Omega 参数设置界面 在这个界面里可以点通过点击 More options，设置各种设置。在这个例子里，所有参数 都使用默认值。参数里有输出格式（OUTPUT FORMAT）和输出顺序（ORDER）这两个参 数。输出格式里可以选择常用的多序列比对格式。我们选标准的 Clustal 格式。这是最常见 的多序列比对格式。输出顺序参数可以设定多序列比对中各个序列的排列顺序。“aligned” 是按照比对过程中自动创建的计算顺序排列；“input”是按照输入序列的原始顺序排列。输 入序列是按照 TLR10、9、8、7…这样的顺序排列的。输出顺序参数设定为 aligned，看看比 对结果里序列的排列顺序是否发生了变化。 做多序列比对的时间要比双序列略长。序列越多，序列越长，则时间越长。Clustal 格式 的输出结果如图 2 所示。可以看到，比对中序列的排列顺序跟输入的时候不一样了，这是按 照比对创建时的计算顺序排列的。请点击 Download Alignment File 保存将当前结果，以便后 面章节进一步加工。保存的文件后缀名是“.clustal”。它是一个纯文本文件，用写字板或者 记事本都可以打开。 图 2. EMBL-Clustal Omega 多序列比对结果 图 2 中的多序列比对结果和本章开头看到的还是有一点点差别的。也就是黑白与彩色的 差别。如果想要添加色彩，点击“Show Colors”。之后，不同的氨基酸根据它们的理化性质 不同会显示出不同的颜色（图 3）。 图 3. 带有颜色方案的多序列比对 除了颜色之外，多序列比对每一段的最后一行都有些星星点点的标记。这些标记和双序 列比对中的竖线、双点、单点的意思类似，但并不完全相同。如果某一列是完全保守的一列， 也就是说这一列里的字母完全相同，那么这一列的下面就打一个“*”。如果这一列的残基 有大致相似的分子大小及相同的亲疏水性，也就是这一列的字母要么相同要么相似，没有不 相似的，那么就打一个“：”。如果这一列残基的分子大小及亲疏水性被一定程度上保留了， 但是有替换发生在不相似的残基间，也就是这一列的字母有相似的也有不相似的，那么就打 一个“ .”。什么都不标记代表这一列是完全不保守的，也就是这一列的字母全部都不相似。 这些星星点点的标记可以为我们指出保守区域所在的位置，即，星星点点特别密集的区域。 Result Summary 标签里，给出了全部结果信息的下载列