1.2探索生物信息学神秘岛-01.pdf

《生物信息学》第一章：绪论 探索生物信息学神秘岛-01 这一节我们一起来探索生物信息学神秘岛，看看生物信息学是怎么产生的。 翻开字典，我们会发现非常多 bio 开头的单词，土豆前面加上 bio 就成了有机土豆。化 学加上 bio 是生物化学，还有生物测量学，生物物理学，生物数学，以及生化危机，生物恐 怖主义。好像所有单词前面都能加上个 bio，于是有人就在信息学前面加上了 bio，有了生物 信息学。可是这个单词到底是什么意思呢？ 这里有很多人试图对这个词做出解释。但他们都如同瞎子摸象一般，只摸到了生物信息 学的一个角落。这些人中有生物医药领域的科研工作者，有制药公司的首席科学家，有开发 生物数据库的软件工程师，也有正在为 DNA 检测头疼的警察，还有被转基因所困惑的家庭 主妇，有你有我有他，还有很多很多人。大家都在生活和工作中或多或少的涉及生物信息学， 但都不是生物信息学的全部。因此我们说，生物信息学是一个交叉学科，涉及各个领域，遍 布每个角落。 为了更好的理解什么是生物信息学，我们回顾一下历史，看看生物信息学的起源。很早 的时候没有生物信息学，但是已经有了生物学和计算机科学，随着这两个学科的发展，他们 俩慢慢的很自然的就走到了一起。 这里我们将生物学的起点定在 19 世纪的拉马克，将计算机科学的起点定在 17 世纪的帕 斯卡。拉马克的“用进废退”和“获得性遗传”理论大家应该并不陌生。他主张经常使用的 器官会发达，不使用的会退化，比如鼹鼠整天呆在地底下挖洞，所以它的眼睛比较瞎，哺乳 动物比如猫因为要吃老鼠，所以就长出了尖牙利齿，而鸟因为是将食物直接吞下不用嚼，所 以嘴里没有牙。而且拉马克认为这些后天获得的性状是可以遗传给下一代的。虽然拉马克主 义后来被达尔文主义所取代，但是这并不能磨灭他的伟大。他是第一个提出进化理论的人！ 是生物学伟大的奠基人之一！是进化论的倡导者和先驱！ 计算机这边的开场人物是帕斯卡。提到帕斯卡，就要提三件事：压强，三角和计算机。 压强单位帕就是为了纪念法国物理学家帕斯卡而命名。至于帕斯卡三角在咱们中国叫做杨 辉三角或贾宪三角。而且，帕斯卡三角比杨辉三角晚了近 400 年，比贾宪三角晚了近 600 年。 最后，为什么说计算机这边要从帕斯卡开场呢，是因为 19 岁的帕斯卡发明了人类有史以来 第一台机械计算机。、 们再往前迈一步。生物学这边拉马克之后就是达尔文。计算机科学这边帕斯卡之后是莱 布尼茨。达尔文《物种起源》一书中提出的进化论观点，相信你已经背的滚瓜烂熟了，似乎 从小学就在讲优胜略汰，适者生存，自然选择，不可抗拒。更有伟大的马克思主义创始人之 一恩格斯将进化论列为十九世纪自然科学的三大发现之一，对人类有杰出的贡献！ 莱布尼茨是德国最重要的数学家、物理学家、历史学家和哲学家，和牛顿同为微积分的 创建人。他的研究成果还遍及力学、逻辑学、化学、地理学、植物学、动物学、解剖学、地 质学、航海学、气体学、语言学、法学、外交学等等。他还是最早研究中国文化和中国哲学 的德国人。并且，他在中国八卦图的影响和启发下发明了二进制。如果让阳爻为 1，阴爻为 0，那么八卦中的坤，艮，坎，巽，震，离，兑，乾，就对应二进制中的 000，001，010，011， 100，101，110，111。莱布尼茨认为：数理逻辑、数学和计算机三者均出于一个统一的目的， 即人的思维过程的演算化、计算机化、以至于在计算机上实现。所以说莱布尼茨是首次提出 “计算机”这个概念的人。 再继续往前走，孟德尔三大遗传定律出现让生物学向前迈出了一大步，而莫尔斯发明的 电报让信息传播进入了新纪元。早在 1866 年孟德尔就已经提出了遗传因子、显性性状和隐 性性状等重要概念，并阐明其遗传规律。但是直到 34 年后，也就是孟德尔去世 16 年之后， 孟德尔定律才被世人认可。造成这一结果的原因一是孟德尔没有高水平论文的发表。二是他 遇人不淑,择友不慎。内阁里让孟德尔拿山柳菊验证，可那个时候大家不知道山柳菊是无性 生殖的植物！今天我们说孟德尔是遗传学的奠基人，现代遗传学之父。 与孟德尔同一时期的莫尔斯，于 1844 年在美国国会议事厅里发出了世界上第一封电报。 1858 年，横跨大西洋连接欧美两洲的海底电缆铺设成功。到清光绪年间，有线电报进入中 国。可以说有线电报的发明是人类历史上信息传递的一次飞跃。