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SectionA 三个域：真细菌，古细菌，真核生物 组装中的主要作用力：非共价健作用力 SectionB 蛋白质纯化的分析方法 2 正电荷：天冬氨酸 谷氨酸 负电荷：赖氨酸 精氨酸 组氨酸 极性：天冬酰胺 谷氨酰胺 苏氨酸 丝氨酸 半胱氨酸 非极性：脂肪族 甘氨酸 丙氨酸 缬氨酸 亮氨酸 异亮氨酸 甲硫氨酸 脯氨酸 芳香族 苯丙氨酸 酪氨酸 色氨酸 Cys 二硫键 Gly 无手性 Pro 亚氨基酸 芳香族氨基酸最大吸收峰 280mm 3 蛋白质的一级 ( 决定蛋白折叠及其最后的形状的最重要的因素 ) ：氨基酸脱水缩合形成肽链 N端到 C 端 共价键 二级：多肽链中空间结构邻近的肽链骨架通过氢键形成的特殊结构。 α转角 β螺旋 氢键为主要作用力 三级： 多肽链中的所有二级结构和其他松散肽链区域（散环结构）通过各种分子间作用力（非共价键为主） ，弯曲、折叠成具有特定走向的紧密球状构象。 非共价键 四级： 许多蛋白分子由多条多肽链（亚基， subunits ）构成。组成蛋白的各亚 基以各种非共价键作用力为主，结合形成的立体空间结构即为四级结构。 非共价键 偶极：电子云在极性共价键的两原子间不均匀分布，使共价键两端的原子分别呈现不同的电性 兼性离子：具有正电荷（碱性） ，又具有负电荷（酸性）的分子 双极性分子： Section C 1 核酸的光学特性 ： 增色性：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力增加的现象 减色性：一种化合物随着结构的改变对光的吸收能力减少的现象 Reason: 碱基环暴露在环境中的越多，对紫外的吸收力越强 Absorbance （吸收值）： Nucleotide ssDNA/RNA dsDNA 核酸的最大吸收峰 260mm(碱基有芳香环 ) 芳香族氨基酸最大吸收峰 280mm A260/A280: 纯的 dsDNA： 纯的 RNA： 纯的 Protein ： 2 Tm 值（熔解温度） ：热变性时，使得 DNA双链解开一半所需要的温度。 Tm=2x(A+T) + 4x(G+C) Tm 值与 DNA分子的长度，及 GC的含量成正比 Annealing （退火） : 热变性的 DNA经过缓慢冷却后复性 快速冷却： Stay as ssDNA 缓慢冷却 : 复性成 dsDNA 脱氧核糖核酸与核糖核苷酸得到画法 4 支持双螺旋结构的两个实验：查戈夫规则 X 射线晶体衍射 5 双螺旋的内容 ： 双链之间的关系： DNA分子由两条链组成 双链反向平行 (5 ’ 3’ 方向 ) 两链的碱基通过氢键互补配对， A:T; G:C 。 双链序列反向互补 各基团排列方式：糖 - 磷酸骨架 DNA分子排列在外 ; 碱基对平面相互平行，排列在 DNA分子的内部。 空间结构为：右手双螺旋结构 每转一圈 ~10 个碱基对，每一圈长度 双链螺旋中形成大沟，小沟。 碱对 DNA的影响：高 pH 值对 DNA的影响比低 pH 值的要小。 高 pH 值 (pH11) 会改变碱基构象， 使 DNA变性（双链解旋， 成单链） RNA 的影响：高 pH 值， 2’羟基会攻击磷酸二酯键，使其断裂，形成 2’，3’- 环式 磷酸二酯键，从而使 RNA分子断裂 7 共价闭合环状 DNA (convalently closed circular DNA, cccDNA ）。即通过共价键结合形 成的封闭环状 DNA分子。 8 超螺旋 DNA（ Supercoil DNA） : 松弛型双链 DNA进一步旋转后，再形成闭环结构时，就会 形成 DNA超螺旋结构 L=T+W 判断是否为超螺旋 正负超螺旋 9 拓扑异构酶： 暂时断裂 DNA分子中一条或两条单链上的磷酸二酯键， 改变 DNA分子的连接 数及拓扑状态。 功能：消除  DNA复制和转录等过程产生的超螺旋。 细胞中， Ⅰ型酶与Ⅱ型酶的活性保持一种平衡状态。 Ⅱ型酶的 “使Ⅰ型酶“使 DNA松驰化” 相抗衡，从而使 DNA保持适当的超螺旋密度。  DNA超螺旋化” 与 10 EB: 嵌入 DNA配对碱基之间， 使 DNA分子在嵌入处局部解旋， 增加 ccDNA其它部位的正超螺旋 11 Type II RE 二型限制性内切酶 : 识别位点一般为４～ 8 个碱基对的回文序列 如： EcoRI 5 ’ -GAATTC-3’ 3 ’ -CTTAAG-5 Section D 1 染色体的折叠 ：串珠结构 ：核心组蛋白 :H2A, H2B, H3 and H4. 连接组蛋白 H1 核小体 30nm 纤丝 高级环状结构（染色质的最高结构） 紧密缠绕结构 2 着丝粒：两侧是大量的名叫卫星 DNA的重复序列 端粒：上百个短的重复序列 作用：端粒 DNA 形成特殊的环状二级结构，保护染色体末端不被核酸外切