个体肠道菌群的多样性影响寡糖的降解和利用.pptx

个体肠道菌群的多样性影响寡糖的降解和利用个体之间肠道菌群结构存在着巨大的差异肠型的形成可能和长期饮食习惯相关地理环境影响雏鸡肠道菌群结构人体肠道微生物对健康的影响免疫相关疾病肠道相关疾病肠肾轴代谢相关疾病肠道微生物肠心轴肠肝轴癌症肠脑轴人体肠道微生态 研究难点与挑战肠道中99.9999%的细菌是极端厌氧细菌,常规微生物学方法很难培养????即使使用目前最严格的厌氧培养技术,人类只能分离培养部分肠道细菌由于人体肠道样品采集难度,人类肠道细菌研究几乎全部依赖于粪便样品,而粪便样品不能百分之百反映升结肠与横结肠样品我们对小肠内部的细菌结构与功能了解几乎为零未培养细菌 Segmented filamentous bacteria（SFB）和雏鸡免疫状态的关系SFB在回肠末端的定植受到雏鸡年龄的影响雏鸡的免疫状态影响到回肠SFB的数量Liao, Yin, et al. 2012, FEMS Micro Eco. 81,395未培养细菌 Segmented filamentous bacteria（SFB）在人体中存在? 回肠末端粘膜表面有分节丝状细菌存在? 仅仅在3岁以下正常人群粪便中检测到该细菌16s RNA片段Yin. et. al. 2013, The ISME Journal, 7, 615在如此多样的人体肠道微生物中，每一种细菌在人体健康调节过程中到底起到了什么作用？个体特定的细菌组合在维持健康过程中又扮演了什么特殊的角色？单胃动物体外肠道菌群模拟模型研究人体肠道微生物的常用方法? 体外肠道模拟系统? 动物实验? 人体临床实验评估食品成分对肠道菌群结构和代谢产物的影响；研究宿主和肠道细菌的相互作用确立细菌或者食品添加剂对宿主的最终影响评估潜在的益生菌对肠道菌群的作用；随着一系列基因敲出小鼠的建立，研究和确立肠道细菌对宿主免疫系统的调节和疾病发生过程中的作用评估药物和毒性物质在肠道细菌中的转化确立细菌或者食品添加剂在宿主疾病发生中的作用研究病原微生物在肠道菌群中生存的机理体外合成标准肠道菌群如何模拟肠道发酵：人体消化道-----恒化连续发酵系统碳水化合物，蛋白质，维生素等口腔食物内容物流动方向小 消化与吸收肠15-20g 蛋白质40-50g 碳水化合物5g可溶性单糖结肠连续发酵系统排泄50-120g/天粪便人体肠道细菌体外研究的模型类型（In Vitro Human Gut Fermentation models)? 批量发酵系统 ( Batch fermentation models)? 单级连续发酵 （Single Stage Continuous Culture System)? 多级连续发酵 （Multistage Continuous Culture System)? 固定菌群连续发酵 (Immobilized continuous culture System)? 人造消化系统 （Artificial digestive system)人体肠道模型单级连续发酵模型人体肠道模型可重复性评估454 PyrosequencingPCRDGGEanalysisVolatilefattySamples＃PhylumFamilylevelGenusacidslevellevelHF08VI /HF09VI96.2%92.1%99.5%99.1%89.6%97.7%99.0%98.3%HF08VL /HF09VL93.9%86.7%Lei et al. 2012 Appl. Envion. Micro, 78，5763鸡盲肠和人体结肠菌群体外模拟结构比较? 高氮源培养基更好的模拟出来鸡盲肠菌群；高碳源培养基更适合模拟人结肠菌群? 反映出不同宿主消化道内环境可利用营养组分的不同；? 体外肠道模型适用于对人体和动物肠道菌群生理生化和代谢特点的研究Lei et al. 2012 Appl. Envion. Micro, 78，5763鸡与人体结肠以及体外模拟培养物菌群结构分析SubjectsbHU1751141HFVI HFVLCH1684308CFVI CFVLNo of sequences1456143104396164369108291No of OTUs(98% cutoff)ACE280.58 221.04 247.65 864.66 173.71 218.923.38 3.38 2.35 4.75 1.46 2.7200.04 204.11 172.56 568.55 128.5 164.93Shannon-indexChao estimator ofOTUsGoods coverage (%) 96.69 95.95 95.21 90.68 97.87 95.75鸡、人肠道细菌对碳氮源表现出不同的降解能力Isovalera