走近诺贝尔奖(六)在电脑中模拟化学反应.docVIP

走近诺贝尔奖 (六)在电脑中模拟化学反应 现在，电脑不仅能模拟出自然界已有的许多事物，而且还可以模拟出一些尚未出现的事物。比如，不少科幻影片中未来世界的场景都是电脑模拟出来的，因为在现实中找不到那样的场景。同样，用现有的各种技术手段都难以观察到的复杂化学反应中的快速变化过程，而用电脑模拟这样的过程，就能够揭开物质变化的神秘路径。这一研究领域被称为 计算化学。 马丁 ?卡普拉斯、 迈克尔 ?莱维特和亚利耶 ?瓦谢尔这三位美国科学家，因在计算化学领域做出了突出贡献而获得了 2013 年诺贝尔化学奖。 把电脑引入化学研究中 我们知道，在物质发生化学反应时，分子中的化学键会 断裂，原子、原子团或离子会重新组合成新的物质。如何才 能直观地描述化学反应的微观过程呢？ 自从 20 世纪初量子物理学建立以来，化学家就试图利 用量子物理学的方法来深入了解化学反应的微观过程。然 而，在电脑发明之前，这种尝试异常艰难，因为化学反应， 尤其像光合作用那样的生物化学反应，是一个十分复杂的过 程。许多化学变化是瞬间发生的。在不到 1 毫秒（千分之一 秒）的时间里，电子从一个原子核跳向另一个原子核，传统 的实验化学方法根本无法记录这些化学反应的每一个过程。 面对瞬间发生的化学反应，以及复杂的电子快速运动， 依靠过去用塑料球和小木棒来创建分子模型的办法已经无 法实现描绘化学反应全过程的美好愿望。即使化学家选择使 用量子物理学来计算化学反应过程，但繁杂的计算过程与巨 大的计算量也只能应付小分子的化学反应。 为此，卡普拉斯、 莱维特、瓦谢尔等人提出了利用电脑来建立多尺度复杂化学 系统模型。多尺度复杂化学系统模型的出现无疑是化学界的 革命。通过该模型，科学家实现了用电脑监控化学变化中的 每一个细节，从而能最优化地控制化学反应的过程。 20 世纪六七十年代， 虽然多数普通老百姓还不知道电脑 为何物，但是电脑已经成为一些科学家的好帮手。在化学研 究中，引入电脑让化学家对复杂化学反应的描述变得可行。 卡普拉斯、莱维特和瓦谢尔就是这些化学家中的杰出代表， 他们是利用新的技术手段进行科学研究的先行者。瓦谢尔在 获奖后接受采访时说： “简单地说，我们的研究就是借助电 脑分析蛋白质的结构，最终了解蛋白质的化学反应机制。 ” 用电脑程序模拟化学反应 20 世纪 70 年代初，美国化学家卡普拉斯便已经针对基 于量子理论的化学模拟方法开展了深入研究，开发出一套用 量子物理方法模拟化学反应的电脑程序，为复杂的化学反应 设计了多尺度模型。 卡普拉斯的研究从视网膜开始。眼睛里视网膜的分子中存在一些自由电子，当光照射到视网膜上时，这些自由电子就能够获得能量，改变分子的结构，这也是人类形成视觉的初级阶段。卡普拉斯成功建立了视网膜的电脑模型，他从更简单的类似的分子结构起步，开发了一套电脑程序。 而在千里之外的以色列魏茨曼研究院，正在攻读博士学位的瓦谢尔和攻读硕士学位的莱维特也在进行合作研究。这个研究院拥有一台功能强大的计算机，被称为“格勒姆 Golem ）”，那是取自犹太传说中的一位有生命的泥人的名字。在“格勒姆”的帮助下，瓦谢尔和莱维特开发出一个突破性的计算机程序，此程序能够模拟各种分子，包括多种生物大分子。 拿到博士学位后，瓦谢尔从以色列到美国做博士后研究，加入了卡普拉斯的哈佛团队，同时将自己的经典理论程序也带了过来。从那时开始，卡普拉斯与瓦谢尔开始合作开发一套新的程序，用于对化学反应中不同的电子进行分门别类的计算。 完成博士后研究之后，瓦谢尔找到在英国剑桥大学已经完成博士学位的莱维特继续合作，开始将量子力学和经典力学相结合的方法应用于模拟酶的化学反应。经过不懈的努力，他们在 1976 年成功实现了有关的算法，首次报道了酶反应的计算模型。他们的程序是革命性的。因为他们可以用 这套程序来处理各种分子，分子的大小已不再是电脑模拟化学反应的瓶颈问题。 现在，用电脑模拟化学反应已经成为一个分支学科，名为“计算化学” 。在 20 多年前，计算化学仍是一门只面向具有高度量子物理学与数值分析素养的人从事的研究，而且由于其庞大的计算量，绝大部分的计算工作需依靠昂贵的大型 电脑主机或高阶工作站来进行。这种情况在 20 世纪 90 年代中期开始有了重大的改变。由于电脑的处理器以及外围设备 （如高速内存及硬盘）的大幅进步，电脑的运算速度大大增加，使得电脑逐渐开始成为从事量子化学计算的一种经济而高效的工具。 计算化学改善生活 每年的诺贝尔科学奖大多数都会让人觉得十分深奥而遥远，不少人心中或许都有一个共同的疑问：这些成果是不是只是科学家的自娱自乐呢？这些成果对我们的日常生活究竟有多大帮助呢？其实，不少研究成果都在直接或间接地改善我们的生活。获得 2013 年诺贝尔化学奖的相关成果更是可以很直接地改善我们的生活。诺