生物分子数据库讲义 .pptxVIP

第四章 生物分子数据库;第一节 引言;生物分子数据库应满足5个方面的主要需求 （1）时间性 （2）注释 （3）支撑数据 （4）数据质量 （5）集成性 ;生物分子数据库 一级数据库 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的 。;生物分子数据库几个明显的特征：;第二节 核酸序列数据库;核酸序列数据的增长趋势 （纵轴代表总的核酸序列长度，单位：百万bp）;;;;“ID”为序列的标识符行，包括登录号、类型，分子的长度 ;提交数据;;EMBL提供一些与序列相关的检索操作（基于3W服务器）;例如: 登录号为J00231的核酸序列具有这样一个交叉索引行：;2、基因组数据库（GDB） ;与染色体相关的信息;;3、人类基因组数据库Ensembl;Ensembl 数据库结构图 ;Ensembl提供多种查询方式 通过关键字查询 用BLAST进行相似序列的搜索 另一种更直观的方式是显示各染色体 用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点， 逐层放大 浏览整个基因组;;人的第9号染色体及大鼠对应的染色体片段;4、表达序列标记数据库dbEST;5、序列标记位点数据库dbSTS;6、面向基因聚类数据库Uni