龙眼snrks家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生.docxVIP

《应用与环境生物学报》 Chin J Appl Environ Biol Doi: 10.19675/ki.1006-687x.2020.09051 收稿日期 Received: 2020-09-23 接受日期 Accepted: 2020-11-19 国家自然科学基金项目、福建省高原学科建设经费（102/71201801101）、福建农林大学科技创新专项基金（KFA19037A、CXZX2017314）和福建农林大学优硕基金（102-1122YS010）资助 Supported by the National Natural Science Foundation of China the Funds for Plateau Discipline Construction in Fujian Province (102/71201801101), the Special Fund for Science and Technology Innovation of Fujian Agriculture and Forestry University (KFA19037A, CXZX2017314) and the Excellent Master Thesis Fund of Horticulture College of Fujian Agriculture and Forestry University (102-1122YS010) **通讯作者 Corresponding author (E-mail: Laizx01@163.com) 龙眼SnRKs家族全基因组鉴定、进化特性及其在龙眼体胚发生早期的表达模式 刘蒲东 张舒婷 申序 苏炳茜 张梓浩 陈裕坤 林玉玲 陈振光 赖钟雄** 福建农林大学园艺植物生物工程研究所 福建福州 350002 摘 要 植物蔗糖非发酵-1相关蛋白激酶（SnRK，sucrose non-fermenting-1-related protein kinase）在细胞代谢及响应渗透胁迫过程中起着关键作用。基于第三代基因组对龙眼SnRKs（DlSnRKs）家族进行全基因组鉴定及命名，对成员理化性质、亚细胞定位、系统发育进化树、蛋白互作、染色体定位、保守基序与基因结构、全基因组共线性及启动子顺式作用元件进行预测分析，并结合转录组数据分析DlSnRKs在龙眼体胚发育三个阶段（胚性愈伤组织（EC）、不完全胚性紧实结构（ICpEC）、球形胚（GE））的表达模式。结果显示，DlSnRKs家族共28个成员。系统发育进化树分析发现DlSnRKs家族成员分布于3个亚组中。染色体定位分析发现28个成员定位在10条染色体中。蛋白互作预测分析发现DlSnRKs家族存在复杂的蛋白互作关系。蛋白保守基序分析发现各亚组成员motif分布相似性与保守性并存。对DlSnRKs家族成员的基因结构进行分析，发现其内含子数目在0 - 14之间。启动子顺式作用元件分析发现各成员启动子区包含光、激素、生长发育及胁迫等响应元件。全基因组共线性分析发现有8个DlSnRKs成员在拟南芥和水稻中均发现共线基因。对DlSnRKs在EC-ICpEC-GE阶段的表达模式进行分析，发现有11个成员呈持续上调表达，3个成员呈持续下调表达，并且DlSnRK1.2在EC-ICpEC阶段以及DlSnRK2.5和DlSnRK3.9在ICpEC-GE阶段出现显著差异表达。本研究通过预测分析发现DlSnRKs家族在进化过程中较保守，其家族成员可能参与调控龙眼体胚发育过程，结果可为SnRK家族基因的深入研究和功能表征奠定基础。（表2 图7 参52） 关键词 龙眼；SnRKs；全基因组鉴定；进化特性；表达模式 Genome-wide identification, evolutionary characteristics and expression patterns of the SnRKs family in Dimocarpus longan Lour. at the early stage of somatic embryo development LIU Pudong, ZHANG Shuting, SHEN Xu, SU Bingxi, ZHANG Zihao, CHEN Yukun, LIN Yuling, CHEN Zhenguang LAI Zhongxiong** Institute of Horticultural Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China Abs