第九章蛋白质结构与功能预测.pptVIP

蛋白质结构与功能预测;DNA sequence;蛋白质序列分析;;ExPASy（Expert Protein Analysis System）Tools（/tools/）;蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础 蛋白质的基本性质： 相对分子质量 氨基酸组成 等电点（PI） 消光系数 半衰期 不稳定系数 总平均亲水性 …… 实验方法： 相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验 缺点：费时、耗资 基于实验经验值的计算机分析方法;基于一级序列的组分分析 氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考 Expasy 开发的针对蛋白质基本理化性质的分析： Protparam 工具 http://;工具;AACompIdent ;蛋白质理化性质分析;主要选项/参数;输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段 ;点击不同功能域或是以直接粘贴氨基酸序列的方式得到以下结果;*;;(a)-Type I membrane protein (b)-Type II membrane protein (c)-Multipass transmembrane proteins (d)-Lipid chain-anchored membrane proteins (e)-GPI-anchored membrane proteins;蛋白质亲疏水性分析;α螺旋跨膜区主要是由20-30个疏水性氨基酸（Leu、Ile、Val、Met、Gly、Ala等）组成 亲水残基往往出现在疏水残基之间，对功能有重要的作用 基于亲/疏水量和蛋白质膜区每个氨基酸的统计学分布偏好性量 TMpred- http:// SOSUI- / ;常用蛋白质跨膜区域分析工具;TMHMM; ProtScale工具 /tools/protscale.html 氨基酸标度 表示氨基酸在某种实验状态下相对其他氨基酸在某些性质的差异，如疏水性、亲水性等 收集56多个文献中提供的氨基酸标度 默认值以Hphob. Kyte Doolittle做疏水性分析 特异性氨基酸标度，如Hopp Woods（1981）针对抗原片段定位；Accessible residues（1979）针对氨基酸溶剂可及性定位；Chou Fasman （1978）针对氨基酸二级结构疏水性分析;主要选项/参数 序列在线提交形式： 如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列 直接填写Swiss-Prot/TrEMBL AC号(accession number) 如果分析新序列： 直接在搜索框中粘贴氨基酸序列;;输出结果 输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号—分不同的功能域肽段;;;跨膜区分析;主要参数/选项;输出结果; 跨膜拓扑模型及图示;SOSUI工具： - / 以图形方式返回结果，需要Java Applet程序 ;;;;跨膜蛋白序列“边界”原则 -Landolt Marticorena et al., 1993;;两股或两股以上α螺旋相互缠绕而形成超螺旋结构 存在于多种天然蛋白质中，如转录因子、结构蛋白、膜蛋白中，在生物体内执行着代谢调控、分子运动、膜通道、分子识别等重要的生物功能， ;COILS- http:// PEPCOIL- http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/pepcoil.html ;工具;;COILS- http:// COILS蛋白质卷曲螺旋预测方法基于Lupas算法，是目前主流的卷曲区域预测算法 一般滑动窗口的大小采用7的倍数;;蛋白质二级结构预测 ;工具;工具;;蛋白质二维结构预测;PredictProtein提交界面详解;1D序列预测;跨膜螺旋预测（PHDhtm）专家选项;比对内容;选择保存分析结果;服务器运行程序信息;PredictProtein分析结果;结构域分析;蛋白质折叠基本类型 ： ;*;工具;;蛋白质三维结构预测;同源建模法分析步骤： 多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟和，构建新的模型 *;;常用数据库;模板搜索与比对;同源建模法;串线法;蛋白质三维结构预测;主要参数/选项;输出结果;;;;输入用户Email（必需）;