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菌物代谢组学研究的方法与内容  　　摘要：　代谢组学是一个可灵敏地捕捉各种生物或非生物因素导致的供试样本中小分子代谢成分变化及其规律的实验方法，被广泛应用于生理生化、病理药理、生物工程、化学生态等很多方面。但在菌物研究方面，由于种群数量庞大、未知结构次生代谢产物众多，严重影响到生物标记物的鉴定和进一步深入分析。为此，作者在总结目前菌物代谢组研究成果的基础上，结合十年的菌物代谢组学研究经验，提出如果要提高菌物代谢组学研究水平，就必须要加快菌物代谢物数据库以及基因组数据库的建设，同时，选择合理的代谢组学方法和多组学多方法联合分析也是现阶段提升菌物代谢组学研究水平的最可行的办法之一。 　　关键词：　代谢组学; 菌物; 进展; 问题; 　　Abstract：　Metabolomics is an experimental method which can sensitively capture the small molecular changes and regularity in testing samples caused by various biotic or abiotic factors. It is widely used in physiology, biochemistry, pathology, pharmacology, bioengineering, chemical ecology and many other fields. Fungi have a large population size and contain large number of unknown secondary metabolites which severely limited identification and further analysis of the biomarkers. Therefore, based on summarizing metabolomics literaturesof fungi and ten years experience in fungal metabolomics research, the author suggest that it is necessary to speed up the construction of the database of metabolites and genome database of fungi to improve the level of metabolomics research. Meanwhile, rational selection of metabolomics methods and using combined omics is also one of the most feasible ways to improve the level of metabolomics research at present. 　　Keyword：　metabolonics; fungi; advances; problems; 　　代谢组学（metabolomics 或 metabonomics）概念虽然是上世纪末和本世纪初才由Fiehn和Nicholson分别提出，但其随后发展十分迅猛。据PubMed网站统计，到2020年7月30日，全世界发表有关metabolomics的文章已达42350篇，其中与真菌有关的论文5642篇。 　　代谢组学研究的对象是代谢组（metabolome），即生物样本中所有小分子代谢物的集合。相对于基因组、转录组和蛋白组而言，代谢组是处于生命活动的最下游，大部分小分子代谢物都是多步酶促反应的结果，因此除遗传因素外，任何环境的扰动和时空的变化都可能导致代谢组的变化，同时，这些代谢物的变化反过来又会影响到生物的基因表达、生长分化、功能和行为。正因如此，代谢组学研究已成洞察疾病发生发展过程，了解药物代谢机理，探索生命活动奥秘的最灵敏的武器之一。在过去20年中，代谢组学的理论、技术和应用都得到了极大的发展，特别是在医药领域得到广泛的应用，并取得丰硕成果。相对于在医药领域的广泛应用，代谢组学在菌物研究中的应用较少，其发表的文章仅占代谢组相关文章总数的13.3%。虽然全球已知真菌数量超过十万种，未知真菌估计有数百万种，但目前仅少数种有过代谢组学研究，其中有关酵母的研究报道占菌物代谢组学研究的19.8%。实际上metabolome（代谢组）的概念最早就是Oliver在研究酵母代谢时提出的。相比较而言，人们对人类自身及常见药用植物的小分子代谢物了解较多，而除酵母等少数真菌以外，人们对大量已知或未知