蛋白质三维结构之二.pptVIP

5章 蛋白质的三维结构;5.1 研究蛋白质构象的方法 5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力 5.3 多肽主链折叠的空间限制 5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 5.5 纤维状蛋白质 5.6 超二级结构和结构域 5.7 球状蛋白质与三级结构 5.9 蛋白质折叠和结构预测 5.10 亚基缔合和四级结构 ;蛋白质的天然折叠结构决定于三个因素： 1）与溶剂分子（一般是水）的相互作用 。 2）溶剂的pH和离子组成 。 3）蛋白质的氨基酸序列。 ;5.1 研究蛋白质构象的方法 5.1.1 X射线衍生法 光源的光线（λ=500nm）投射在被检物体上，光波将由此散射，物体的每一小部分都起着一个新光源的作用。来自物体的散射光波含有物体构造的全部信息。 ;X射线衍射技术与显微镜技术的主要区别是： 光源不是可见光而是波长很短的X射线（λ=0.154nm），经物体散射后的衍射波，没有一种透镜能把它收集重组成物体的图像，而直接得到的是一张衍射图案(diffraction pattern)。衍射图案需要用数学方法代替透镜进行重组，绘出电子密度图(electron density map)。;;5.1.2 研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法 5.1.2.1 紫外光差谱 芳香族和杂环族 发色团的吸光性质与其结构相关，而结构又受它的微环境影响。 [示]差光谱（difference spectrum）是两种不同条件下的比较，通常选用变性（多肽链伸展的）蛋白质或天然蛋白质作为参比。从对比试验中可以推断蛋白质在特定条件下溶液中的大致构象。;5.1.2.2 荧光和荧光偏振 在大多数情况下由于吸收辐射能而被提升到激发电子态的分子都是通过激发能的非辐射转移给予周围分子而回复到基态。能量以热形式散失。 但也有分子将再辐射，这种现象称为荧光。 在蛋白质中Trp和Tyr残基是主要的荧光基团（内源荧光），其荧光峰位置（λmax）分别为348nm和303nm.，这些残基的微环境能明显地改变其荧光强度和荧光峰位置。 探索Trp和Tyr的微环境以及蛋白质分子构象的变化。 酪氨酸的吸收光谱与荧光光谱;;5.1.2.3 圆二色性 圆二色性（circular dichroism，CD）。 平面偏振。 圆偏振光的场矢量以辐射频率绕光传播方向旋转前进。当朝光源方向观察圆偏振光时，其电[场]矢量顺时针方向旋转的称为右[手]圆偏振光，逆时针方向旋转的称为左[手]圆偏振光。用ER和EL来表示。 手性物质与左、右圆偏振光（EL，ER）的相互作用是不相同的，例如左手螺旋与EL有更强的相互作用，因而对EL和ER的吸收也不相同。由于手性物质对EL和ER这两种光的吸收（振幅减小）不同，便使左、右圆偏振光叠合成椭圆偏振光(elliptically polarized light)。这种光学效应称为圆二色性。 图5—6示出α螺旋、β折叠片和无规卷曲（randomcoil）构象的多态圆二色性光谱。;;5.2 稳定蛋白质三维结构的作用力;5.2.1 氢键;5.2.2 范德华力（范德华相互作用） 广义的范德华力：定向效应、诱导效应和分散效应。 定向效应(orientation effect)发生在极性分子或极性基团之间。它是永久偶极间的静电相互作用，氢键可被认为属于这种范德华力。 诱导效应(induction effect)发生在极性物质与非极性物质之间，这是永久偶极与由他诱导而来的诱导偶极之间的静电相互作用。 分散效应(dispersioneffect)是瞬时偶极间的相互作用，偶极方向是瞬时变化的。瞬时偶极是由于所在分子或基团中电子电荷密度的波动及电子运动的不对称性造成的。 狭义的范德华力：是一种很弱的作用力，只有当两个非键合原子处于一定距离时才能达到最大，即范德华距离。; 5.2.3 疏水作用（熵效应） ; 5.2.4 盐键 它是正电荷与负电荷之间的一种静电相互作用。吸引力F，介电常数ε F = Q1 × Q2 / (ε R2 );5.2.5 二硫键;蛋白质三维结构之二;5.3 多肽主链折叠的空间限制 5.3.1 酰胺平面与α-碳原子的二面角（φ和ψ） 主链肽基成为刚性平面，称酰胺平面。平面内 C==O 与 N—H 成反式排列，各原子间有固定的键角与键长。肽链主链上只有α-碳原子连接的两个键，Cα—N和C α—C，是纯的单键，能自由旋转；α-碳是两个相邻酰胺平面的连接点，酰胺平面虽然是刚性的，但酰胺平面之间的位置可以任意取向。 ;;;5.4 二级结构：多肽链折叠的规则方式 5.4.1 α螺旋 α螺旋是蛋白质中最常见、最典型、含量最丰富的二级结构元件。;蛋白质三维结构之二;5.4.1.1 α螺旋的结构 每圈螺旋占3.6个氨基酸残基（即图中的n数），沿螺旋轴方向